SlideServe
Télécharger Obtenir Pro
Menu
Accueil Pro
Préférences
ApparenceLight Aide et commentaires
© SlideServe · v2026

ORF-omics

sorley avatar
sorley
18 diapositives · 388 Views · Aug 07, 2014

ORF-omics. Boone –review Vidal – paper . Goal of genomics. To generate a comprehensive and integrated view of cellular function Develop genome-scale reagents for each model organism. What do you need to do this? Good sequence Gene identification and annotation

#orf-omics #orf-omics ppt #powerpoint #presentation
ORF-omics - slide 1
01 / 18ORF-omics
1 / 17

Télécharger la présentation

ORF-omics
Une image / un lien ci-dessous est fourni (tel quel) pour télécharger la présentation

Politique de téléchargement : le contenu du site vous est fourni TEL QUEL pour votre information et votre usage personnel ; il ne peut être vendu, concédé sous licence ni partagé sur d’autres sites sans l’accord de son auteur.Le contenu vous est fourni TEL QUEL, pour votre information et votre usage personnel uniquement. Téléchargez la présentation en cliquant sur ce lien. Lors du téléchargement, si vous ne parvenez pas à télécharger une présentation, l’éditeur a peut-être supprimé le fichier de son serveur.Pendant le téléchargement, si vous ne parvenez pas à obtenir une présentation, le fichier a peut-être été supprimé par l’éditeur.

F I N

Plus de contenu associé

Transcription de la présentation

  1. ORF-omics Boone –review Vidal – paper

  2. Goal of genomics • To generate a comprehensive and integrated view of cellular function • Develop genome-scale reagents for each model organism. • What do you need to do this? • Good sequence • Gene identification and annotation • Resources (money and people)

  3. What are the genome-scale reagents? • Sequence • Oligo sets or PCR primers for genes (microarrays) • RNAi sets or other knockdown or knockout genome-scale reagents (test phenotype, synthetic lethal, etc.) • Proteomic constructs – tagged proteins, two-hybrid libraries, other genomic libraries, e.g. for overexpression, regulated expression

  4. What is an ORF? • Called hypothetical until protein or RNA product detected • 30 years of genetics – 800 C. elegans genes • Previously, Reboul had PCR’d from a cDNA library – 11,984 ORFs (2,179 actually shown previously) • ORF-sequence tags suggest 50% of the annotations are faulty.

  5. How would you find ORFs? • Sequence analysis • Look for open reading frames, intron/exon boundries • Comparative sequencing • ORFs produce RNAs • How would you detect them using technology you know? • cDNA libraries and tiling

  6. Better clone selection Better cloning system

  7. Results • Increased number of known genes by 35% • Over 3000 ORFs had a structure that differed from that predicted by GeneFinder • Some may be due to splice variants • Assume that most ORFs that weren’t cloned were due to mispredictions of gene structure (1/3 of ORFs) • Suggest 50% of ORFs are misannotated

  8. ORFeome project • Gene prediction tools still need work • Want to identify ORFs • Provide reagents • ORFeome 1.1 11,942 ORFS • 11.4% cloned out of frame because of mispredicted gene boundries • Now making ORFeome v2 – all splice variants • 19,920 predicted genes

  9. Evolution of the C. elegans ORF annotations

  10. What is a phenome? • What is RNAi? • What questions can you address?

  11. Process • Put ORFeome 1.1 clones into vector for E. coli • Makes dsRNA

  12. Using clones for additional Analysis: Two hybrid SDS – MS/MS Isolation of tagged proteins