Download
slide1 n.
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
BUNKA s 12 000 E 35 000 reakcií v databázach PowerPoint Presentation
Download Presentation
BUNKA s 12 000 E 35 000 reakcií v databázach

BUNKA s 12 000 E 35 000 reakcií v databázach

246 Vues Download Presentation
Télécharger la présentation

BUNKA s 12 000 E 35 000 reakcií v databázach

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript

  1. 1 6 2 OXIDOREDUKTÁZY (oxidácia a redukcia) LIGÁZY (tvorba väzieb so spotr. energie) TRANSFERÁZY (prenos funkčných skupín) 600 100 500 BUNKA s 12 000 E 35 000 reakcií v databázach 3 5 100 800 250 IZOMERÁZY (izomerizácia a recemizácia) HYDROLÁZY (štiepenie v prít. vody) LYÁZY (tvorba a štiepenie väzieb) 4

  2. Prečo enzýmové syntézy? Tradične sa enzýmy hľadali, identifikovali a charakterizovali individuálne. kompatibilita enzýmov mutagenéza enzýmov

  3. Schematické porovnanie kultivačného a metagenomového prístupu

  4. BIOKATALÝZA SUBSTRÁT - veľké možnosti modifikácie substrátu BIOKATALYZÁTOR - screening - riadená evolúcia - príprava nadproducentov enzýmov - katalytické protilátky REAKČNÉ PODMIENKY - reakčná teplota (termofily) - inhibítor - výber rozpúšťadla (viacfázové systémy) organické rozpúšťadlá superkritické kvapaliny (CO2, etán, etylén, CHF3, SF6) iónové kvapaliny - adsorbenty

  5. Imprinting (plastické protilátky) • cross-linking polymerizácia v prítomnosti templátu (T) za vzniku kavít špecifického tvaru a definovaného usporiadania funkčných skupín (väzbové miesta, A–C); • (b) cross-linked polymer pripravený z monomeru templátu a etyléndimetakrylátu v prítomnosti a bez templátu

  6. Produkcia čistých chemikálií priemyselnými biotransformáciami 134 procesov v 2002

  7. produkcia 10 ton/rok cena produktu 50 $/kg ===> 500 000 $ / 10 ton cena katalyzátora nemá presiahnuť1-10% nákladov limit 5000 – 50 000 $ ročne za biokatalyzátor je málo na vývoj katalyzátora !

  8. Porovnanie antisense stratégií

  9. Gene silencing pomocou RNA interferencie (RNAi)

  10. Racionálny design alosterického ribozýmu

  11. Intrastéricky inaktivovaný inhibítor-DNA-enzým (IDE) konjugát a jeho aktivácia komplementárnou DNA. Môže sa použiť ako senzor na malé množstvá DNA, pretože má zabudovanú schopnosť amplifikácie signálu.

  12. Mikročipy malých molekúl (small-molecule microarrays) (a) detekčná stratégia pomocou hydrolytických enzýmov (b) stratégia screeningu inhibítorov v roztoku CurrentOpinioninChemicalBiology2005,9:4–13

  13. Schéma typického SPR (surface plasmon resonance) experimentu

  14. Fluorescenčný test pre glykozyltransferázy CHEMOSENZOR

  15. Kvantové bodky (Quantum dots) sú fluoroforom podobné, niekoľko nanometrov veľké častice polovodičových materiálov CdSe, CdTe, InP, InAs. Podľa veľkosti častíc a chemického zloženia sa pripravujú pre rozsah 400-2000 nm s fluorescenčným kvantovým výťažkom až 85% pri RT. Perspektívne môžu nahradiť fluorofory v mnohých biotestoch, pretože ich emisná účinnosť neklesá s časom ako je to u fluoroforov. Podobne ako fluorofory sa môžu konjugovať s biomolekulami. - emisia viditeľného svetla z vybraných kvantových bodiek v roztoku. Emisná vlnová dĺžka sa vybrala podľa typu materiálu a veľkosti častíc - relatívna emisia červených kvantových bodiek versus fluorescenčné farbivoTexas Red ožarované počas 2 min. Emisia farbiva sa znižuje v dôsledku fotochemických zmien vo farbive (photobleach).

  16. Štruktúra multifunkčnej QD sondy TOPO tri-n-octylphosphine oxide Current Opinion in Biotechnology 2005, 16:63–72

  17. Konjugácia QD k biomolekulám EDAC (ethyl-3-dimethyl amino propylcarbodiimide) SMCC (succinimidyl-4-N-maleimidomethyl-cyclohexane carboxylate)

  18. Konjugácia QD k biomolekulám

  19. Porovnanie emisných spektier kože myši a QD, získaných za rovnakých exitačných podmienok, demonštrujúc tak, že QD signály možno posunúť do spektrálnej oblasti s minimálnou autofluorescenciou. Obrázky vpravo ilustrujú in vivo imaging lymfatických uzlín a tumoru prostaty.