1 / 17

LA LAUREA MAGISTRALE IN BIOINFORMATICA

Università degli studi di Milano-Bicocca Facoltà di Scienze MFN. LA LAUREA MAGISTRALE IN BIOINFORMATICA. Che cos'è la BIOINFORMATICA?. Il termine BIOINFORMATICS è stato inventato da P. Hogeweg nel 1978

tirza
Télécharger la présentation

LA LAUREA MAGISTRALE IN BIOINFORMATICA

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Università degli studi di Milano-Bicocca Facoltà di Scienze MFN LA LAUREA MAGISTRALE IN BIOINFORMATICA

  2. Che cos'è la BIOINFORMATICA? • Il termine BIOINFORMATICS è stato inventato da P. Hogeweg nel 1978 • La BIOINFORMATICA è una applicazione della INFORMATION TECHNOLOGY al campo della BIOLOGIA.

  3. Il primo scopo della bioinformatica è CONTRIBUIRE AD AUMENTARE IL LIVELLO DI CONOSCENZA DEI SISTEMI BIOLOGICI • Un altro scopo è quello di far progredire tutte le metodologie caratteristiche della bioinformatica stessa.

  4. La Bioinformatica si occupa di • * SEQUENCE ANALYSIS • * GENE FINDING • * GENOME ASSEMBLY • * PROTEIN STRUCTURE PREDICTION • * PROTEIN-LIGAND INTERACTION • * ANALYSIS OF GENE EXPRESSION • * MODELLING OF METABOLIC NETWORKS • * MODELLING OF EVOLUTION • * SYSTEMS BIOLOGY

  5. Nei primi anni della bioinformatica i temi di • studio erano essenzialmente quelli in 1-4 • (analisi di sequenze)‏ • Gli sviluppi successivi e le espansioni della • bioinformatica a settori diversificati sono • dovuti essenzialmente ai seguenti fattori

  6. i) Aumento delle potenze di calcolo (in trent'anni di almeno TRE ordini di grandezza)‏ • ii) Sviluppo delle metodologie numeriche e degli algoritmi per studiare sistemi complessi • iii) Sviluppo della teoria dei sistemi

  7. Allo sviluppo della BIOINFORMATICA concorrono le discipline • Informatica • Biologia Molecolare • Biochimica • Genetica • Chimica • Fisica • Matematica

  8. Proprio per il carattere INTERDISCIPLINARE della BIOINFORMATICA e’ importante che laureati in diverse discipline scientifiche abbiano accesso alla LAUREA MAGISTRALE • La laurea magistrale è stata modificata proprio a tale scopo, per l'anno accademico 2009-2010 • Sedi italiane : Milano-Bicocca, Bologna, Roma (Tor Vergata)‏

  9. Comparazione di sequenze proteiche. Evoluzione molecolare e funzione • Primary sequence (PE and SE, ~ 210-250 aa): 68.2% identity • 76 amino acidic substitutions (45 completely unrelated aa). Maiale VVGGTEAQRNSWPSQISLQYRSGSSWAHTCGGTLIRQNWVMTAAHCVDRELTFRVVVGEH Bovina VVGGTAVSKNSWPSQISLQYKSGSSWYHTCGGTLIKQKWVMTAAHCVDSQMTFRVVLGDH MerluzzoB VVGGEDVRVHSWPWQASLQYKSGNSFYHTCGGTLIAPQWVMTAAHCIGSR-TYRVLLGKH Salmone VVGGRVAQPNSWPWQISLQYKSGSSYYHTCGGSLIRQGWVMTAAHCVDSARTWRVVLGEH **.* . ::** * *** .. : *.***:*: **:*****:. :** :* *  Maiale NLNQ-NNGTEQYVGVQKIVVHPYWNTDDVAAGYDIALLRLAQSVTLNSYVQLGVLPRAGT Bovina NLSQ-NDGTEQYISVQKIVVHPSWNSNNVAAGYDIAVLRLAQSATLNSYVQLGVLPQSGT MerluzzoB NMQDYNEAGSLAISPAKIIVHEKWD—-SSRIRNDIALIKLASPVDVSAIITPACVPDAEV Salmone NLNT-NEGKEQIMTVNSVFIHSGWNSDDVAGGYDIALLRLNTQASLNSAVQLAALPPSNQ .: : .:.:* *: *:*:::: . . : . :*   Maiale ILANNSPCYITGWGLTRTNGQLAQTLQQAYLPTVDYAICSSSSYWGSTVKNSMVCAGGDG Bovina ILANNTPCYITGWGRTKTNGQLAQTLQQAYLPSVDYATCSSSSYWGSTVKTTMVCAGGDG MerluzzoB LLANGAPCYVTGWGRLWTGGPIADALQQALLPVVDHAHCSRYDWWGSLVTTSMVCAGGDG Salmone ILPNNNPCYITGWGKTSTGGPLSDSLKQAWLPSVDHATCSSSGWWGSTVKTTMVCAGG-G :*.. **:**** *.* . *:*. : .: ** :*** : . *:*.** *

  10. Predizione della struttura 3D delle proteine con tecniche di homology modelling Templati utilizzati per la generazione del modello Modello per omologia

  11. Analisi della struttura delle proteine (relazioni tra struttura e funzione) Secondary Structure (SS) content Solvent accessible surface

  12. Individuazione dei siti recettoriali Sito principale Individuazione di cavità e probabili siti di legame • Le sfere evidenziano delle cavità nella proteina, inoltre ci forniscono informazioni sulle caratteristiche di idrofobicità e idrofilia del ligando Siti secondari

  13. Docking Molecular modelling, MM, MD, site_finder In silico ADME MOO 106 compounds Library generation, QM, 350 Molecular Descriptors, Docking 102 compounds potentilally LEADS

  14. Yeast protein interaction network[Jeong et al., Nature (2001)] I network proteici possiedono delle proprietà computazionali, che derivano dal fatto che le proteine sono parte di “moduli” la cui funzione dipende dalla struttura della proteina e dalla topologia del network in cui e’ coinvolta Problemi: • network molto complicati dove e’ difficile individuare moduli • network solo parzialmente noti Bioinformatica

  15. Reti regolatorie e reti metaboliche

  16. Reti regolatorie e reti metaboliche

  17. Reti regolatorie e reti metaboliche

More Related