1 / 22

UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA

UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA. MASTER SIIS Sisteme Informatice în Îngrijirea Sănătății. www.medinfo.umft.ro/dim / bioinformatica.htm. BIOINFORMATICA. Prof Dr George I Mihala ş UMF Victor Babeş. CURSUL 6. ANALIZA SECVENŢIALĂ. Analiza unei secvenţe Compararea a două secvenţe

trella
Télécharger la présentation

UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. UNIVERSITATEAPOLITEHNICA TIMIŞOARA MASTER SIIS Sisteme Informatice în Îngrijirea Sănătății

  2. www.medinfo.umft.ro/dim/bioinformatica.htm

  3. BIOINFORMATICA Prof Dr George I Mihalaş UMF Victor Babeş

  4. CURSUL 6

  5. ANALIZA SECVENŢIALĂ • Analiza unei secvenţe • Compararea a două secvenţe • Metode simple: Dot Plots și Distanțe • Programare dinamică • Aliniere globală • Aliniere locală • Modele complexe • Matrici de substituție • Pentru Proteine • Pentru Acizi nucleici • Alinierea multiplă

  6. ANALIZA SECVENȚELORINDIVIDUALE

  7. Analizasecvenţelor individuale • AA au proprietăţi diferite: • Reziduu (catena laterală) hidrofil / hidrofob • Sarcina electrică, dimensiune, felexibilitate • Relaţii între proprietăţi (Nishikawa) • Consecinţe (ex) • AA hidrofobi: • în interiorul proteinelor globulare • în proteine transmembranare • AA hidrofili – la suprafaţă • Periodicităţi – elice, Alternanţe – fâşii • Predicţie epitopi antigenici • Grafice: scări numerice, ferestre de mediere (9-15 AA)

  8. Proprietăţi în 3D • Glu în alfa-helix • Pro şi Tyr în beta-strips • Elice amfipatice (coiled-coil) • O parte hidrofilă, una hidrofobă • Succesiune (3-6 grupe) de 7 AA • Heptade • Fermoare de leucină • “Leucine zipper” • Domenii ce se leagă de ADN în proteinele reglatoare (factori de transcriere)

  9. COMPARAREA A DOUĂ SECVENȚE (I) “DotPlots” și Distanțe

  10. Compararea a două secvenţe“Pairwise alignement” • Evenimente • Termeni • Scop şi mijloace • daca două secvenţe sunt corelate • ce fel de “aliniere” poate fi considerată • sisteme de scoruri pentru ierarhizarea alinierilor • algoritmi pentru alinierea “optimă” • metode statistice de evaluare a semnificaţiei scorului • Exemple

  11. Evenimente • Substituţii • Inserţii şi Deleţii (InDel); “gaps” • Termeni – compararea a 2 secvenţe • HOMOLOG • 2 organisme diferite, ancestor comun • ORTOLOG • diferenţe datorită speciaţiei • se reţine funcţionalitatea în evoluţie • PARALOG • în 1 organism, evenimente la duplicare • XENOLOG • nu au aceeaşi origine prin evoluţie • apar prin evenimente “orizontale” (simbioză, viruşi etc) • SIMILARITATE ≠ HOMOLOGIE

  12. Alinierea vizuală – DOT PLOTS (i) • Matrice – cele 2 secvenţe pe axe • Marcarea identităţilor • Obs – “zgomote”, introducere “ferestre” de 2, 3 etc

  13. Alinierea vizuală – DOT PLOTS (ii) Cu “fereastră” de 2

  14. Results for aligning ACCTGAGCTCACCTGAGTTAto itself using the Dot Matrix option of the AlignX feature of Informax’s Vector NTI program

  15. Evidenţiere inserţii/deleţii, repetări, inversiuniObs: introni / exoni

  16. Comparare secvenţe cromozomiale (ex. cromozomul 5 şi Y)

  17. Măsurarea similarităţii DH1 = 1 DH2 = 3, DL2 = 7x2 – 1x1 – 2x2 = 9 DL3 = 6 DL4 = 6 S3 = 5x2 – 4x1 – 2x2 = 2 S3 = 5x5 – 4x3 – 2x4 = 5 S4 = 6x2 – 2x1 – 4x2 = 2 S4 = 6x5 – 2x3 – 4x4 = 8 • Distanţe: D = nr.nepotriviri - Hamming - 2 secv.egale (n) - Levenshtein (‘edit’ distance) – incl. gaps = nr.’editări’… • Scheme de scor a) Potrivire = +2 Nepotrivire = -1 Gap (Indel) = -2 b) +5 / -3 / -4

  18. Secvenţe de nucleotide in ADN

  19. Exemplul 2

  20. PAUZA

More Related