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Projet Génie Logiciel & UML, Bases de Données & Interfaces

Projet Génie Logiciel & UML, Bases de Données & Interfaces. CAMPAN Amandine DUMOUSSEAU Marine PIHAN Emilie. GB5 Option BIMB 2008 - 2009. Création du système d’information d’un laboratoire de biologie : sujet, contexte et limites. Objectifs.

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Projet Génie Logiciel & UML, Bases de Données & Interfaces

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Presentation Transcript

  1. Projet Génie Logiciel & UML,Bases de Données & Interfaces CAMPAN Amandine DUMOUSSEAU Marine PIHAN Emilie GB5 Option BIMB 2008 - 2009

  2. Création du système d’informationd’un laboratoire de biologie :sujet, contexte et limites

  3. Objectifs • Créer une base de données : stocker les expériences, gérer les accès aux résultats • Créer une interface web : requêtes sur la base de données, affichage des résultats • Créer 3 interfaces pour 3 types d’expériences : visualiser les résultats spécifiques

  4. Contexte et limitations • Expérience : • Expérimentateurs = auteurs • - Pas toujours publiée • - Un seul type de système • - Un antécédent (unique) ou aucun Expérience E Expérience A Expérience B Expérience C Expérience D

  5. Contexte et limitations • Accès aux expériences et aux résultats : • Expériences dans la base de données terminées => toujours un résultat (celles en cours ne sont pas dans la base de données) • Personnel du laboratoire : pas de limites d’accès si authentifié • Public extérieur : accès limité aux expériences publiques

  6. Contexte et limitations • Autres : • Interface permettant d’ajouter une expérience à la base de données non prise en charge • Bibliographie : lien vers l’article disponible en ligne • Création et suppression d’un compte non gérées • Membre du laboratoire : appartient à une seule équipe

  7. Implémentation :base de données et interfaces

  8. Schéma relationnel

  9. Interfaces • Mise en page : feuille CSS • Programmation procédurale • Programmation orientée objet : • Classe Resultat : récupère et affiche la partie commune des résultats

  10. Démonstration

  11. Plan • Introduction au site : accueil, personnel, contact • Recherche rapide : ID = 3, utilisateur public • Recherche rapide : ID = 2, utilisateur public et membre du laboratoire (connexion/déconnexion), liens • Recherche avancée et consultation des résultats

  12. Premier type de résultat :Spectrométrie de masse Marine Dumousseau

  13. Représentation du résultat • Différentes représentations : solution de l'image Spectre Graphique Tableaux 13

  14. Limites Données complémentaires Pouvoir combiner les données brutes avec des données extérieures (tableaux et graphiques) 14

  15. Schéma de la base 1 1 1 n 15

  16. Interfaces • Programmation orientée objet : • Classe Resultat_Marine : hérite de la classe Résultat. Récupère et affiche les résultats de type spectrométrie de masse • Classe Technique_Marine : récupère et affiche les détails de la technique 16

  17. Démonstration • Cas de consultation des détails des résultats de spectrométrie de masse • Cas de consultation des détails concernant le type de spectrométrie de masse utilisée 17

  18. Second type de résultat :Figure Emilie Pihan

  19. BD 19

  20. GL/UML Classe Resultat_Emilie: - héritage de la classe Resultat - nouveaux attributs : --> intitulé --> figure --> légende 20

  21. Troisième type de résultat :Histogramme Amandine Campan

  22. Choix • Résultats quantitatifs : représentation en histogramme • exemples : tests de viabilité cellulaire, profils d’expression (sRNAs) par puces à ADN … Figure : Tests de viabilité cellulaire chez différentes souches de Staphylococcus aureus

  23. Base de données • Stockage des données quantitatives (pas de l’image) pour correspondre au mieux à la réalité • Création d’une table : • Histogramme (Id_Experience : int(11), • Legende : varchar(20), Valeur : float)

  24. Interface ResultatGraphique • Valeur • Légende • Id_Experience Resultat • Resume • Interpretation • Id_Experience • Type • POO, héritage • Requête SQL => listes des valeurs et des légendes • Utilisation de la librairie graphique « Artichow » • (http://www.artichow.org/) : classe BarPlot (histogrammes)

  25. Interface • Création de l’image du graphique par un fichier PHP « indépendant » (<img src='graphiqueAmandine.php' alt='Graphique'/>) • Affichage de l’histogramme que si valeurs dans BD, sinon message d’erreur • Mise en page : ajout de 2 divisions dans le fichier CSS (histogramme et légende)

  26. Démonstration • Résultats expérience 35 • Résultats expérience 36

  27. Merci de votre attention …

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