1. PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino ‘Carlo Bo’

2. Pubmed: che cosa è? • Banca dati bibliografica biomedica accessibile gratuitamente online, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la NLM (National library of medicine’s) • La NLM è la biblioteca affiliata all’NIH (National Institute of Health ) punto di riferimento per la ricerca medica degli Stati Uniti. • E’ la base dati più grande e prestigiosa nel settore biomedico a livello mondiale

3. un po’ di storia • 1879: INDEX MEDICUS • 1964: NASCE IL MEDLARS (Medical literature Analysis and retrieval system) • 1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE • 1980 Riversamento in CD-ROM • 1997: DAL MEDLINE AL PUBMED

4. MEDLARS Attualmente è composto da 40 banche dati. Ricordiamo: • Pubmed • Toxnet: base di dati di tossicologia che permette di interrogare gli archivi CCRIS, DART,IRIS, GENETOX … • Cancernet: b.d. per l’oncologia con gli archivi CANCERLIT (bibliografico) e PDQ (protocolli di trattamento)

5. Pubmed: Cosa contiene? 4 database • MEDLINE : citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH; aggiornamento settimanale; • OLDMEDLINE: con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no MESH • PREMEDLINE (In Process citations) per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ; aggiornamento giornaliero • PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS per citazioni ricevute via elettronica direttamente dall’editore. Non ancora pubblicate in cartaceo

6. Medline: Un po’ di numeri: • circa 17 milioni di citazioni di articoli scientifici di ambito biomedico o scienze affini (dalle 500 alle 3000 ogni giorno) • Copre circa il 25 % dell’intera produzione mondiale di riviste biomediche (4800 riviste) • Le riviste provengono per il 40% dall’area statunitense e l’88% degli articoli è in lingua inglese • Gli abstract sono presenti nel 76 % degli articoli • il testo pieno non è previsto a meno che non si trovino articoli disponibili gratuitamente online. Questi sono raggiungibili grazie al sistema di linking ed al software ENTREZ

7. PUBMED e non solo : il sistema ENTREZ • ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze Database System) sviluppato dal NCBI. • Sistema che integra la banca dati Pubmed con archivi sulla biologia molecolare • permette, in un insieme integrato, di ricercare sequenze molecolari e informazioni bibliografiche

8. Accesso agli archivi disponibili NUCLEOTIDE: sequenze di DNA PROTEIN: sequenze di proteine GENOME: dati su genoma STRUCTURE : strutture a 3D TAXONOMY OMIM: catalogo dei geni umani e dei disordini genetici PMC (Pubmed central)

9. PUBMEDhttp://pubmed.gov II. LA RICERCA

11. http://pubmed.gov Maschera per ricercare Per raffinare la ricerca Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili

12. La Citazione bibliografica: autore Titolo articolo Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine n. Identificativo del premedline

13. I record bibliografici: • Base dati è una collezione di dati organizzati in record • Ogni record è una citazione bibliografica • Record è un insieme di campi • Campo è un singolo specifico dato • Ogni campo è contraddistinto da etichette o TAG importanti per effettuare ricerche mirate

15. TAG PRINCIPALI utili nella ricerca(elenco completo nell’help) [AU] campo autore [TI] campo titolo [TA] nome della rivista [LA] lingua di pubblicazione dell’articolo [MH] Mesh terms (soggetti) [DP] data di pubblicazione(A/M/G) [EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G) [AB] abstract

16. Funzioni di ricerca comuni a tutte le basi dati • Stopwords (articoli, congiunzioni…): trascrizione superflua • Troncamento: (*) si cercano le varianti che hanno radice in comune • Operatori booleani: AND, OR, NOT n.b. trascriverli in maiuscolo • Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità

17. Tipologie di ricerca:semplice o complessa RICERCA SEMPLICE • Per cercare gli articoli più recenti • Quando si ha un solo termine di ricerca • Per cercare gli articoli di un autore • Per cercare gli articoli con il titolo di un periodico Può essere LIBERA (1) o PER CAMPI (2)

18. 1.RICERCA LIBERA • la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i termini che vengono così ricercati in tutti i campi. • N.B.: Utile usare la funzione Limits (filtri) per delimitare la ricerca

19. Ricerca libera

23. 2. RICERCA PER CAMPI • Serve a limitare i risultati di una ricerca con termine non qualificato che ha dato troppi risultati • Come limitare ? Termine [TAG del campo]

24. Esempi di ricerca per campi Cell Cell [AU] Cell [TA] Cell [TI] • Come si ricerca un autore: Cognome + iniziale/i nome (es Veronesi U) oppure Cognome [AU]

25. RICERCA COMPLESSA: Quando: • si utilizza più di un concetto e bisogna combinare più termini o più ricerche • si vogliono usare voci di soggetto (MESH)

26. Ricerca complessa con più termini Utilizzare gli operatori booleani (in maiuscolo): • AND (intersezione) per recuperare documenti che contengono entrambi i termini inseriti in ricerca • OR (unione) per recuperare documenti che contengono almeno uno dei due termini • NOT per recuperare documenti che contengono solo il primo termine di ricerca escludendo l’altro

28. Ricerca per frase • Racchiudere i termini fra virgolette o usare il tag [tw] • Automaticamente trova le frasi da una lista preordinata Esempio: - Breast tumours = così trova i casi di tumore – non necessariamente al seno - and ghiandola mammaria (145593) - “breast tumours” = tumori al seno (1347)

30. Ricerca con parentesi: ordine dipriorità nella lettura della stringa di ricerca

31. Ricerca per soggetto: i MESH Tesauro MeSH (Medical Subject Headings) dizionario di termini controllati usati per sintetizzare i soggetti del documento e descrivere il contenuto informativo dell’articolo Vantaggi: • Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o voci affini • Precisione nella ricerca Svantaggi: • Non si trovano record premedline e publisher supplied (i più recenti!)

32. I Mesh • Per ogni articolo vengono assegnati uno o più intestazioni (max=15) • Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es: pathology, drug therapy) di questo vengono inserite sottointestazioni (subheadings) per ogni mesh • Per visualizzare le intestazioni scegliere il formato di visualizzazione Medline

33. Ricerca con il TAG Mesh: risultati 0

34. Il Mesh database = Archivio dei soggetti

35. Vantaggi del Mesh Database • Controllo del termine immesso: se non presente vengono proposte voci simili o affini e le definizioni • Visualizzazione: dei sinonimi (entry terms), della struttura ad albero delle sottointestazioni • Automatic explosion, No expl • Argomento principale (Major Topic)

36. Esempio di ricerca con il mesh database Definizione del concetto

39. Mesh database: Struttura ad albero

40. Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione

43. visualizza come viene interpretata la strategia di ricerca da pubmed Si possono inserire altri termini liberi o intestazioni usando AND,OR,NOT

44. Altre funzioni utili nella ricerca:A. La barra degli strumenti • Limits • Preview/Index • History • Clipboard • Details

45. 3. History(archivio delle ricerche) • Pubmed conserva le strategia di ricerca e i risultati numerandole e ponendole nell’ordine in cui sono state eseguite • Si possono combinare le ricerche eseguite usando gli operatori booleani (si deve riportare il simbolo cancelletto) • Accetta un massimo di 100 ricerche • Le ricerche vanno perse dopo un’ora

47. 2. Preview/index(no premedline, né publisher supplied ) • Permette di vedere e selezionare i soggetti presenti nel DB in ordine alfabetico partendo dal termine in esame • fra parentesi accanto c’è l’indicazione del numero dei record

49. Altre funzioni:B. La barra a sinistra • PUBMED TUTORIAL (guida ufficiale interattiva) • PUBMED help (strutturato a capitoli come un libro) • SINGLE CITATION MATCHER • CLINICAL QUERIES ( per articoli che si riferiscono alla ricerca clinica) • JOURNAL DATABASE

50. 1. Single citation matcher • utile per rintracciare rapidamente una citazione si conoscono già alcuni dati del riferimento, ma la citazione è incompleta o sbagliata • utile anche per trovare gli indici della rivista indicando la rivista e l’anno