“ 合成生物学”与“国际遗传机器大赛 （ international Genetically Engineered Machine Competition ， iGEM ） ”

1. “合成生物学”与“国际遗传机器大赛（ international Genetically Engineered Machine Competition，iGEM）” 宋 凯：ksong@tju.edu.cn

2. 合成生物学 Synthetic Biology

3. 何时出现合成生物学这一名字？ ● Science杂志最早于1911年33卷有两篇文章出现“synthetic biology” （合成生物学）一词。 ● Lancet杂志最早于1911年7月8日有一篇文章出现“synthetic biology ” （合成生物学）一词。 ● 在1980年第一次以“基因外科术：合成生物学的开始”为题出现在德文刊物上。 ● 2000年以后，“合成生物学”一词在学术刊物及互联网上逐渐大量出现

4. Nature Biotechnology, 27(12),2009-12-7Focus on Synthetic Biology • The latest iteration of genetic engineering offers the prospect of the design and construction of new life forms from biological parts, devices and systems.

5. What's in a name? (pp1071 – 1073) Defining an emerging field can be challenging, Nature Biotechnology asked 20 experts for their views on the term 'synthetic biology'.

6. Genetic engineering focuses on individual genes (typically cloning and over expression). • The logical extension of that to system-wide change is genome engineering. • Intermediate between these is metabolic engineering, which involves optimizing several genes at once. • Synthetic biology is ‘meta’ to all of these in establishing standards for modules, intentionally interoperable in their assembly and functioning. • Hierarchical properties permit computer-aided design at different levels of abstraction, from the sub-molecular level to supra-ecosystem levels. George Church Professor Department of Genetics Harvard Medical School Boston, Massachusetts.

7. Synthetic biology involves the development and application of engineering principles to make the design and construction of complex synthetic biological systems easier and more reliable. It is the focus on the development of new engineering principles and formalism for the substrate of biology that sets it apart from the more mature fields upon which it builds, such as genetic engineering. Christina Smolke Assistant Professor Department of Bioeng Stanford University Stanford, California.

8. Metabolic engineering is adopting synthetic biology’s strategies of gene synthesis, very fine control of gene expression, etc., • while synthetic biology is taking metabolic engineering’s objective-driven strategies of engineering circuits and consideration of whole-cell metabolism. • And both are moving towards integration with systems biology. Sang Yup Lee Distinguished Professor and LG Chem Chair Professor Korea Advanced Institute of Science And Technology

9. ● 维基百科全书：合成生物学旨在设计和构建工程化的生物系统，使其能够处理信息、操作化合物、制造材料、生产能源、提供食物、保持和增强人类的健康和改善我们的环境。http://en.wikipedia.org/Synthetic_biology ●简单地说，合成生物学是通过设计和构建自然界中不存在的人工生物系统来解决能源、材料、健康和环保等问题。

10. 合成生物学的定义 Synthetic Biology is： • A) the design and construction of new biological parts, devices, and systems, and • B) the re-design of existing, natural biological systems for useful purposes. http://syntheticbiology.org/

11. How is this different from genetic engineering?合成生物学与基因工程有何不同？ Synthetic Biology builds on tools that have been developed over the last 30 years. Genetic engineering has focused on the use of molecular biology to build DNA (for example, cloning and PCR) and automated sequencing to read DNA.Synthetic Biology adds the automated synthesis of DNA (to write DNA), the setting of standards and the use of abstraction to simplify the design process.

12. 合成生物学领域由Scirus 搜索的学术论文数、专利数和网络信息以及由Scopus 搜索的学术论文数 10000 120 期 刊 / 专 利 数 量 Scirus 检索期刊 8000 网 络 信 息 100 Sciru网络信息 Scirus 检索专利 80 6000 Scopus检索期刊 60 4000 40 2000 20 0 0 1998 2000 2002 2004 2006 2008 赵学明老师提供

13. 合成生物学的发展前景 2004年被美国MIT出版的《Technology Review》评为将改变世界的10大新出现的技术之一(10 Emerging Technologies That Will Change Your World)。 2009年中科院300多位专家经过一年多研究发布的《创新2050：科技革命与中国的未来》战略研究系列报告中指出：“合成生物学”是可能出现革命性突破的4个基本科学问题之一。

14. 合成生物学发生与发展的学科基础

15. 1953年，Watson和Crick阐明了DNA的双螺旋结构。 标志着分子生物学时代的到来。分子生物学是合成生物学的重要基础。

16. DNA是生物的遗传物质

17. 人类的DNA序列是人类的真谛，这个世界上发生的一切事情，都与这一序列息息相关。人类的DNA序列是人类的真谛，这个世界上发生的一切事情，都与这一序列息息相关。 ——R. Dulbecco, 1986 Renato Dulbecco （1914 -）

18. 基因、基因组和基因组学:  基因 (Gene)：遗传功能的单位，是编码蛋 白质或RNA分子的一段DNA序列. 基因组 (Genome，来自Gene + chromosome) 所有DNA分子的总和（分子遗传学定义）  基因组学 (Genomics)：研究基因组结构与 功能的科学

19. 人类基因组计划 于1990年正式启动,于2003年4月14日完成了人类基因组全部序列测定 其中，中国承担了1% 的测序任务

20. 模式生物基因组计划 ▲哺乳动物 4200 种 ▲真 细 菌 3600 种 ▲古 细 菌 180 种 ▲病 毒 1750 种 已完成测序的 模式生物：小鼠、线虫、拟南芥、果蝇、水稻、酵母、古细菌、真细菌、病毒 … …。

21. A C G T

22. 为了整理和分析这些序列信息，诞生了一门新兴的交叉学科---生物信息学——是合成生物学的学科基础之一。为了整理和分析这些序列信息，诞生了一门新兴的交叉学科---生物信息学——是合成生物学的学科基础之一。 生物信息学是一门交叉学科。它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。

23. 细胞: 奇异绝妙的小工厂

24. 基因组 转录物组 蛋白质组 代谢物组 系统生物学研究细胞对外界环境变化或刺激在各个层次上如何做相应的变更, 并建立数学模型对总体应答作出预测. 催化反应 翻译 转录 DNA mRNA 蛋白质 代谢物 基因组学 Genomics 转录物组学 Transcriptomics 蛋白质组学 Proteomics 代谢物组学 Metabolomics

25. Systems biology as a foundation for genome-scale synthetic biology Christian L Barrett, Tae Yong Kim, Hyun Uk Kim, Bernhard Ø Palsson and Sang Yup Lee, Current Opinion in Biotechnology 2006, 17:488–492

26. 数据积累引起的科学发现－－第四次科学大发展数据积累引起的科学发现－－第四次科学大发展 基因组超大量的序列和结构数据  重大的生物技术

27. 合成生物学 生物 质能 生物 计算机 生物医学 环境修复 应用 生物传 感器 食品 原料 生物材料 精细 化学品 信 息 学 化 学 计算机科学 生 物 学 工 程 学 物 理 学 数 学 合成生物学发生与发展的学科基础

28. 1 2 3 4 6 5 合成生物学的研究内容 生物大分子的合成与模块化 生物基因组的合成、简化与重构 合成代谢网络 遗传/基因线路的设计与构建 细胞群体系统及多细胞系统研究 数学模拟和功能预测

29. 生物大分子的合成与模块化 • 蛋白质的工程化改造与模块化 • 根据调节蛋白自身域结构的重新组合来巧妙的实现： • 一类是锌指蛋白， • 另一类是甾类受体。 例如：崭新的酶底物结合特异性等。 • 利用计算化学指导突变，构建具有崭新功能的蛋白质或活性酶。 • 利用信号蛋白可以在蛋白-蛋白相互作用水平进行功能的重编程，对信号通路进行构造和改变。例如，工程化的支架蛋白。 氨基酸的相互作用使分子链发生折叠形成蛋白质的二级和三级结构，高度复杂的过程，很难预测。发展水平远落后于DNA部件的发展水平。

30. 生物大分子的合成与模块化 核酸分子的人工合成 • 允许高效构建相关的在特殊区域有所改变的基因簇； • 允许目标基因的柔性设计而不需常规基因重组或克隆所需的中间步骤； • 允许用户选择只包括期望功能和途径的人工合成基因，简化或切断生物进化作用所带来的影响； • 允许用户插入任意期望的模块，具有可扩展性； • 如设计成只有在实验室特殊条件中才能存活的形式，则更具有安全性。

31. 生物大分子的合成与模块化 核酸分子的人工合成 • DNA从头合成（de novo DNA synthesis）技术 • S. A. Benner等人人工制造了两种核苷：K和X，组成了被其称之为AEGIS (An Expanded Genetic Information System)的系统，而且证明了核苷酸的种类可以多达12种之多。 • 斯坦福大学的化学家E. T. Kool在原有的四种碱基上增加苯环，形成新的四种碱基，并制造了加长的双螺旋新分子“xDNA”，增加了DNA双链的间距，使DNA分子双链的氢键断裂温度提高。这段双螺旋能在黑暗的环境中发光并且能在较高的温度下仍然保持稳定。

32. 人工合成生物全基因组 • 1979年H. G. Khorana合成了酪氨酸阻遏tRNA基因（207bp）； • 2002年纽约州立大学石溪分校魏玛（E.Wimmer）小组用了3年的时间合成出了脊髓灰质炎病毒（Poliovirus）的全基因组，7500bp。 • 2003年，J. C. Venter 研究小组用了14天时间从头合成了噬菌体Phi X174（5386 bp）基因组。 • 2004年，人工合成了1918年造成全世界上千万人死亡的“西班牙流感病毒”。 • 2008年J. C. Venter小组又合成了Mycoplasma genitalium生殖道支原体基因组（582790kb），这是迄今为止人类在合成生物过程中走得最远的一步。 • J. C. Venter小组 的另外一项工作却获得了成功：不久前将关系较近的两株支原体中一株的基因组用另外一株的基因组替换，结果仍能正常“工作”。

33. 基因组简化（Genome reduction) ●2006年SCIENCE 发表了美国威斯康星大学Blattnerj教授小组的论文：“减少了大肠杆菌基因组所出现的性质”。使所设计的菌种基因组减少高达15％，但却保留了好的生长状态和蛋白质生产。 ● 基因组减少还导致了没有料想到的有益性质：高的电穿孔效率、重组基因和质粒的精确繁殖，而这些质粒在其它菌种中是不稳定的。该研究为设计构建简单高效菌株奠定了很好的基础。

35. 最小细菌基因组的必要条件 ●必不可少(或必需)的蛋白质编码基因 （Essential genes)； ●必不可少(或必需)的RNA分子编码基因； ●必不可少(或必需)的非编码序列（启动 子序列;TFBS; 复制起始原点区 oriC 等); ●………………………………

36. http://tubic.tju.edu.cn/deg/

37. Database of Essential Genes 5210 （DEG 4.0）

39. 枯草杆菌(Bacillus subtilis) No. of essential genes 271

40. 生殖道支原体（Mycoplasma genitalium） No. of essential genes 381

41. 流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae) No. of essential genes 642

42. 4.9重构（Refactoring）T7噬菌体基因组 • 第一步是重新注释野生型噬菌体T7基因组。 • 第二步是将含有39977个碱基对的T7噬菌体基因组划分为73个单元，每个单元包含一个或多个元件。 增加了1424个碱基对

43. 合成生物学的研究内容 • 合成代谢网络 利用转录和翻译控制单元调控酶的表达以合成或分解代谢物。主要以代谢物浓度作为控制元件的输入信号。 例如：利用酿酒酵母和大肠杆菌合成抗疟疾药物青蒿素的前体物质。 • 遗传/基因线路的设计与构建 1961年F. Jacob和J. Monod提出的乳糖操纵子模型第一次明确提出了基因表达的调控概念，被认为是分子生物学发展的第二个里程碑。 • 细胞群体系统及多细胞系统研究 基于细胞间交流的细胞群体系统及多细胞系统的开发，主要是研究细胞群体间的同步基因表达、信号交流、异步功能配合等。 • 数学模拟和功能预测 一种科学只有在成功地运用了数学时，才算真正达到完善的地步。 －－卡尔．马克思

44. 合成生物学的意义 • 加速合成生物系统工程化的进程 需要工程化、标准化的策略，将研究人员从日复一日的重复性操作中解脱出来。 • 验证和深化对于生物现象的理解 • “合成”将是“分析”的必要补充。 • 成功固然会帮助我们建立合成生物学的基本原则和生物系统的工程化技术； • 失败也是人类的理解与自然生物本质间存在鸿沟的直接佐证，并会为我们如何更好的理解和运用源自于自然的技术提供指引。

45. 发表合成生物学较多的刊物及新创刊的刊物 PNAS Nature Science MSB

46. 合成生物学应用 • BioEnergy. Cells are being engineered to consume agricultural products and produce liquid fuels. British Petroleum and the US DOE granted $650 million dollars for research in the San Francisco Bay Area. • Drug Production. Bacteria and yeast can be re-engineered for the low cost production of drugs. Examples include the anti-malarial drug Artemisinin and the cholesterol-lowering drug （降胆固醇药）. • Materials. Recombinant cells have been constructed that can build chemical precursors for the production of plastics and textiles, such as Bio-PDO （1，3－丙二醇）and spider silk（蛛丝）. • Medicine. Cells are being programmed for therapeutic purposes. Bacteria and T-cells can be rewired to circulate in the body and identify and treat diseased cells and tissues.

47. 对合成生物学的资助(美国，部分） • US-NSF 2006 年投入2000 万美元资助建立“合成生物学工程研究中心”( Synthetic Biology Engineering Research Center- SynBERC), 由UCB、哈佛大学、MIT、加州大学旧金山分校等共同组建 • US-NSF:08-599,$29M for EMERGING FRONTIERS IN RESEARCH AND INNOVATION: 1. BioSensing & BioActuation: Interface of Living and Engineered Systems (BSBA) 2. Hydrocarbons from Biomass (HyBi) • US-DOD (DARPA):$3M to Venter’s Institute for Bioenergy • The Bill and Melinda Gates Foundation:$ 42.6M for anti-malarial drug. • Harvard receives donation worth $125MHarvard University has received a $125 million donation from Hansjörg Wyss, a Harvard alumnus and chairman of Swiss medical device maker Synthes. The university plans to rename and expand the Institute for Biologically Inspired Engineering, which will concentrate on synthetic biology, biological materials and other related areas. Consortium of venture capitalists to Synthetic Companies • (BP-UCB,$5.5 亿; Exxon Mobil-synthetic genomics, $6 亿)

48. 合成生物学研究举例 • “合成生物学”2004年被美国MIT出版的“Technology Review”评为将改变世界的10大新出现的技术之一（10 Emerging Technologies That Will Change Your World）。短短几年的实践已经证明该预见的正确性。 • 通过使用自然界提供的简单模块，许多合成生物学研究者在进行两方面的研究：建立有用装置；研究可以取代自然生物系统的人造生物系统。这些进展主要涉及如下几方面：（a）合成振荡器和开关；（b）人造细胞－细胞相互作用系统；（c）工程化的信号转导系统；（d）代谢途径工程；（e）通过蛋白质工程制造的新型生物传感器；（f）最小细胞及合成基因组。这方面的进展已经有许多专门的综述。

49. 合成生物学研究举例 （1）美国UCB化学工程系教授、劳伦斯国家实验室合成生物学中心主任Keasling本科曾获得化学与生物学双学位，后来又获得化学工程博士学位。所以在他从事代谢工程及合成生物学的研究中能很好地将化学、生物学、化学工程学相结合。在他从事抗疟疾药的生物合成研究中，始终把细胞当作微生物制药工厂（Microbial drug factories），进行设计、加工、集成、组装、控制。体现在合成生物学技术上包括DNA的合成、来自细菌、酵母及植物（青蒿Artemisia annua）等多种基因及代谢途径的组装、多基因的精密调控等。他们关于抗疟疾药物生物合成的研究成果先后发表在2003年Nature Biotechnology和2006年的Nature上。

50. Keasling 实验室 Research Interests: 代谢工程， 系统生物学，合成生物学 • Synthetic Biology for Synthetic Chemistry ACS Chemical Biology, 2008,3:64-76 （合成生物学－合成化学－青蒿素合成举例） • Importance of systems biology in engineering microbes for biofuel production Current Opinion in Biotechnology 2008, 19:228–234（系统生物学－生物燃料生产） • Metabolic engineering of microorganisms for biofuels production: from bugs to synthetic biology to fuels（代谢工程：微生物－合成生物学－生物燃料） Current Opinion in Biotechnology 2008, 19: in press