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Specificity analysis Pospiviroid detection method

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5 diapositives · 207 Views · Aug 31, 2014

This study presents a refined detection method for pospiviroids, focusing on the design of a novel primer, Pospi1Deg-FW, which demonstrates 100% similarity with all publicly available CLVd sequences as of April 18, 2012. The primer’s sequence is analyzed against 358 pospiviroid sequences, revealing one mismatch at the 5’ end with CLVd sequences, suggesting a potential for enhanced specificity in detection. The study underscores the importance of primer length adjustment and provides insights into consensus sequences and mismatches, contributing to more reliable diagnostic techniques.

Specificity analysis Pospiviroid detection method - slide 1
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Transcription de la présentation

  1. SpecificityanalysisPospiviroiddetectionmethod

  2. Amorce PLCV4f Logo sequencebased on all CLVdsequencesavailable in Genbankat 2012-04-18 Conclusion: problemat the 3’ end. Primer shouldbeshortened by 3 nucleotides. New primer proposed. 100% similaritywith all publiclyavailableCLVdsequences

  3. Amorce Pospi1Deg-FW One mismatchat the 5’ end nucleotidebetween the primer Pospi1Deg-Fw and the 78 CLVdsequencespubliclyavailableat 2012-04-18 Consensus sequence of 358 sequencesof pospiviroidsotherthanCLVd publiclyavailableat 2012-04-18 5’-GGGAKCCCCGGGGMAAC-3’ Pospi1Deg-FW primer sequence: K= G or T; M= A or C

  4. Pospi-RE AGCTTCAGTTGTWTCCACCGGGT TCDVd parfait 16/16 PSTVd parfait 242/248 1mismatch 3/248 (AJ007489, EF459697, AY937480) 2 mismatches 1/248 (EU273604) 2 insertions 1/248 (EU879925, EU879926) PMTVd/MPVd parfait 14/14 PCFVd 4 mismatches en 5’ 37/37 (publi montre que ça marche?) CSVd parfait 76/76 MPVd et TPMVd parfait 14/14 CEVd parfait 113/222 1 mismatch en 3’ (HQ284024, EF488068, DQ471994) 1 mismatch en 5’ (EF488055, DQ846884) 2 mismatches centre (Y00328) 5 mismatches (AJ490825) TASVd parfait 23/23 IrVd parfait 5/6 1 mismatch en 5’ (DQ846886)

  5. Pospi1Deg-FW GGGAKCCCCGGGGMAAC TCDVd parfait 15/16 1 mismatchnt 6 (DQ859013) PSTVd parfait 221/230 1 mismatch nt 4 (HQ454924)->OK 1 mismatchnt 14 (HQ454931)->peut poser problème 1 insertion entre nt 13-14 (HQ454925)->peu poser problème 1 mismatch nt 14 (FJ797614)->contrôler la signification de R 1 mismatchnt 3 (AY372398)->devrait fonctionner 2 mismatches nt 2 et 3 (AY372394)->devrait fonctionner (séquence de mauvaise qualité?) 1 mismatch nt10 (FM998551)->OK 2 mismatches nt 2 et 3 (DQ308555)->devrait fonctionner (séquence de mauvaise qualité?) 1 déletion nt 13 (E00278)-> potentiellement problématique PMTVd/MPVd parfait 14/14 CLVd 1 mismatch en 5’ pour 79/79 PCFVd parfait 37/38 1 mismatch nt 4 (JF446886)->OK CSVd parfait 74/77 1 mismatch nt1 (FN673554)->OK 1 mismatch nt 1 (FN673553)->OK 4 mismatches nt 2,7,8,9 et 1 insertion nt10 (FN646407)->Pas reconnu (séquence de mauvaise qualité?) MPVd et TPMVd parfait 14/14 CEVd parfait 209/222 1 mismatch nt 5 (HQ452417)->OK 1 insertion entre nt 5-6 (AY372391)->devrait fonctionner 2 mismatches nt3,6 et 4 deletions nt 7 (AY372390)->Pas reconnu (séquence de mauvaise qualité?) 2 insertions nt 11 (EU877744)->problème d’hybridation (séquence de mauvaise qualité?) 2 insertions nt 11 (EU877745)->problème d’hybridation (séquence de mauvaise qualité?) 1 mismatch nt4 (DQ431992)->OK 1 mismatch nt 4 (DQ431993)->OK 2 mismatches nt10,11 (DQ431991)->OK 2 insertions nt 11 (DQ400342)->problème d’hybridation 1 insertion nt 11 (AY523584)->problème d’hybridation 3 mismatches nt 1,4,6 (AY517494)->problème d’hybridation 2 mismatchesnt 1,4 (AF434678)->problème d’hybridation 1 mismatch nt 7 (K00965)->OK TASVdparfait 22/23 1 deletion nt 13 (AY062121)->OK IrVd parfait 5/5