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ACARUS. CAR. http://acarus.uson.mx/cursos2013/car.htm. Sistemas de CAR en la UNISON. Responsable : María del Carmen Heras Sánchez Asesores Técnicos : Aracely Dzul Campos Daniel Mendoza Camacho Yessica Vidal Quintanar. http://acarus.uson.mx/. Día 4.

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Presentation Transcript

  1. ACARUS CAR http://acarus.uson.mx/cursos2013/car.htm

  2. Sistemas de CAR en la UNISON Responsable : María del Carmen Heras Sánchez Asesores Técnicos : Aracely Dzul Campos Daniel Mendoza Camacho Yessica Vidal Quintanar http://acarus.uson.mx/

  3. Día 4 • Practicas de Ejecución de Software http://acarus.uson.mx/

  4. Uso Software en Mezquite • Gaussian 09 Rev. B.01 • NwChem 6.1 • Matlab R2010b

  5. Script Gaussian 09 - Mezquite #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -l walltime=4:00:00 #PBS -N g09-test #PBS -q rack1 #PBS -k eo SCRATCH_DIR=/scratch/${USER}/${PBS_JOBID} mkdir -p $SCRATCH_DIR export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCH_DIR cd $PBS_O_WORKDIR export GAUSS_LFLAGS="-v v -nodelist \"$(uniq $PBS_NODEFILE | xargs)\"" export g09root=/usr/local source /usr/local/g09/bsd/g09.profile g09 < test941.com > test941.log rm -rf $SCRATCH_DIR

  6. NWChem 6.1 - Mezquite Asegurarse de tener el archivo .nwchemrc en HOME nwchem_basis_library /home/nwchem-6.1/data/libraries/ nwchem_nwpw_library /home/nwchem-6.1/data/libraryps/ ffield amber amber_1 /home/nwchem-6.1/data/amber_s/ amber_2 /home/nwchem-6.1/data/amber_q/ amber_3 /home/nwchem-6.1/data/amber_x/ amber_4 /home/nwchem-6.1/data/amber_u/ spce /home/nwchem-6.1/data/solvents/spce.rst charmm_s /home/nwchem-6.1/data/charmm_s/ charmm_x /home/nwchem-6.1/data/charmm_x/

  7. Script NWChem 6.1 – Mezquite #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -l walltime=4:00:00 #PBS -N nwchem-test #PBS -q rack1 #PBS -k eo #PBS -V export NCPUS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE) cd $PBS_O_WORKDIR source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 module load nwchem-6.1 mpirun -n $NCPUS -f $PBS_NODEFILE nwchem h2o.in > h2o.out

  8. Uso de Software en Ocotillo • Gaussian 09 Rev. B.01 • NWChem 6.0 • Quantum Espresso 5.0.2 GPU

  9. Script Gaussian 09 - Ocotillo #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -l walltime=4:00:00 #PBS -N g09-test #PBS -q q128d SCRATCH_DIR=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID} mkdir -p $SCRATCH_DIR export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCH_DIR cd $PBS_O_WORKDIR export GAUSS_LFLAGS="-v v -nodelist \"$(uniq $PBS_NODEFILE | xargs)\"" export g09root=/usr/local source /usr/local/g09/bsd/g09.profile g09 < test941.com > test941.log rm -rf $SCRATCH_DIR

  10. NWChem 6.0 - Ocotillo Asegurarse de tener el archivo .nwchemrc en HOME nwchem_basis_library /usr/local/Nwchem-6.0/data/libraries/ nwchem_nwpw_library /usr/local/Nwchem-6.0/data/libraryps/ ffield amber amber_1 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_s/ amber_2 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_q/ amber_3 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_x/ amber_4 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_u/ spce /usr/local/Nwchem-6.0/data/solvents/spce.rst charmm_s /usr/local/Nwchem-6.0/data/charmm_s/ charmm_x /usr/local/Nwchem-6.0/data/charmm_x/

  11. Script NWChem 6.0 - Ocotillo #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -l walltime=4:00:00 #PBS -N nwchem-test #PBS -q q128d export NCPUS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE) cd $PBS_O_WORKDIR module load parallel_studio-2013 module load nwchem-6.0 module load mpich-3.0.2 mpirun -n $NCPUS -f $PBS_NODEFILE nwchem h2o.in > h2o.out

  12. Script Quantum Espresso - Ocotillo #PBS -l nodes=ibnodo2-7:ppn=2 #PBS -l walltime=48:00:00 #PBS -N quantum-test export NCPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}') cd ${PBS_O_WORKDIR} module load quantum/espresso-5.0.2-i mpirun -np $NCPUS -hostfile $PBS_NODEFILE $BIN_DIR/pw-gpu.x < QE.in > QE.out

  13. Software - Choya • Matplot • Geany

  14. MatPlot COMO EJECUTAR MATPLOTLIB ? Aplicación grafica -> Xming + Putty Es necesario la interfaz pylab -> implementar el servidor de ventanas X, (Xming – 6.9.0.24.exe ) el cual lo puedes descargar de la página del Acarus: http://www.acarus.uson.mx/descargas/ y ejecutarlo. Después abrir una terminal con el putty pero antes de ingresar  tienes que habilitar la siguiente opción para que te habilite el display:  que se encuentra en la pestaña de SSH, la opción X11  y habilitas el recuadro de Enable X11 forwarding.

  15. Se ejecuta con la opción ipython –pylab

  16. Geany Es un editor de texto pequeño y ligero con características básicas de entorno de desarrollo integrado (IDE). Utiliza librerías GTK para su funcionamiento. Está disponible para distintos sistemas operativos, como GNU/Linux, Mac OS X, BSD, Solaris y Microsoft Windows. Es distribuido como software libre bajo la Licencia Pública General de GNU. Características:

  17. Menú Construir opción Selecciona inclusiones y Argumentos

  18. Ingresar en compilar : mpicc hola_mundo.c -o hola_mundo Ingresar en ejecución: mpirun -np 4 ./hola_mundo

  19. Ingresar en compilar : mpicc hola_mundo.c -o hola_mundo Ingresar en ejecución: qsub script_mpi.pbs

  20. qstat cat nombre_trabajo.o80 cat mpi_trabajo.o80

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