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Gramicidina S

Gramicidina S. 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP. TOCSY. NOESY. COSY: cross-picchi evidenziano solo le correlazioni tra protoni connessi da non più di tre legami. 2) Correlazioni tra protoni alifatici. 1) fingerprint. VOLFP. Ha. Protoni a. NH. VOLFP.

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Gramicidina S

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Presentation Transcript

  1. Gramicidina S 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP

  2. TOCSY NOESY

  3. COSY: cross-picchi evidenziano solo le correlazioni tra protoni connessi da non più di tre legami 2) Correlazioni tra protoni alifatici 1) fingerprint VOLFP Ha Protoni a NH

  4. VOLFP Regione amidica: ci si aspettano 4 correlazioni NH-Ha 7.2 9.1 8.7 8.3

  5. Regione fingerprint 4.36 4.41 4.57 4.77 7.23 9.1 8.68 8.34

  6. HaP5 4.32 4.36

  7. Sistema di spin della prolina B2(1.94) b1(1.46) Hb1 Hb2 Hg Hg (2.48) Hd Hd (3.59) Ha In giallo lo spettro TOCSY dove si vedono correlazioni scalari a più di tre legami

  8. Non sembrano esserci ulteriori correlazioni oltra Ha-Hb b1 2.98 b22 .88 L’unico a.a. della sequenza che non ha protoni oltre i beta è Phe Hp: sistema di spin della Phe Ha 4.36

  9. Non ho correlazione con i metili a campi alti, quindi può essere solo O Hg1Hg2 Hb2 Hb1 Hd Ha 4.77 Sistema di spin dell’ornitina

  10. P F O Questi due protoni alfa devono essere quelli di Val e Leu che si distinguono perché la valina ha un sistema di spin più corto

  11. Hg 0.8 Hb 2.08 Ha 4.41 Sistema di spin della valina

  12. La correlazione rimasta inassegnata nella regione fingerprint a 8.34 e 4.57 deve essere la Leu Hb Ha

  13. Regione fingerprint 4.36 4.41 V 4.57 L 4.77 O F 7.23 9.1 8.68 8.34

  14. Typical NOE intensities

  15. Sovrapposizione dello spettro COSY e NOESY (rosso) HaV-HNO F Niai-1 L F HaL-HNF O aiNi+1 HaO-HNL aiNi VOLFP

  16. F Ha HaL VOLFP

  17. Rosso: noesy, azzurro: tocsy HbL HbO HbV F Har-HbF HbF HNV-HdP HaL HaV HaL NH2O O VOLFP

  18. Azzurro: TOCSY Rosso: NOESY Correlazione b1b2P è un picco sia TOCSY che NOESY Si può usare per calibrare le distanze HgP-HaF HdP-HaF

  19. Il software ne calcola l’integrale (volume) in modo automatico

  20. Nella dimensione F1 c’è poca risoluzione, quindi i picchi non sono ben separati

  21. La regione simmetrica ha molta più risoluzione

  22. Restraints list Object Integral [abs] ν(F2) ν(F1) Integral 1 151810000.00 1.9440 1.4917 b1b2 Pro 1.8 Å Integral 2 36027000.00 9.0926 4.5819 aLeu-NHPhe Integral 3 45930000.00 8.6721 4.4108 aVal-NHOrn Integral 4 54024000.00 8.3249 4.7702 aOrn-NHLeu Integral 5 54753000.00 4.7604 8.3298 aOrn-NHLeu 2.16 Å Integral 6 42051000.00 4.5722 9.0999 aLeu-NHPhe 2.27 Å Integral 7 49753000.00 4.4010 8.6818 aVal-NHOrn 2.20 Å Integral 8 6340100.00 4.572 8.329 aLeu-NHLeu 3.12 Å NOE b1b2= k/r6b1b2 NOEaOrn-NHLeu= k/r6aOrn-NHLeu

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