1 / 18

TRANFORMASI FRAGMEN DNA KROMOSOM Xanthomonas campestris KE DALAM Escherichia coli

Wibowo Mangunwardoyo. JURNAL SAINS, VOL. 6, NO. 1, APRIL 2002. TRANFORMASI FRAGMEN DNA KROMOSOM Xanthomonas campestris KE DALAM Escherichia coli. 3. 2. 1. Metoda dasar yang digunakan dalam bidang biologi molekular

paiva
Télécharger la présentation

TRANFORMASI FRAGMEN DNA KROMOSOM Xanthomonas campestris KE DALAM Escherichia coli

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. WibowoMangunwardoyo JURNAL SAINS, VOL. 6, NO. 1, APRIL 2002 TRANFORMASI FRAGMEN DNA KROMOSOM Xanthomonascampestris KEDALAM Escherichia coli

  2. 3

  3. 2

  4. 1

  5. Metodadasar yang digunakandalambidangbiologimolekular Padadasarnyapadastudibiomolekulariniberkaitandengananalisismakro molekular. Beberapametodadasardalamstudimolekular A. Penggunaanradioisotop Isotopadalahelemenelemenkimia yang mempunyaijumlah proton yang samadalaminti atom, namunmemiiki no massa yang berbeda (proton dan neutron)‏ contohnya : - S35digunakanuntukmelabel protein ataumelabelnukleotida yang digunakandalampenentuanurutanbasa DNA (DNA sequensing)‏ - [α-P32] UTP-RNA : digunakandalamtranslasidantranskripsi in vivo gunamempelajaripromoter suatu gen yang mengaturprosestransktripsi. - [α-S35]dATPatau [α-P32dATP jugauntukanalisisurutanbasanukleotida sehinggadapatmembacaautoradioaktivitasfrgament fragment nukelotidapanda gel elektroforesis.

  6. Untukmendeteksiberbagaijenispenyakit seperti : a. 24Na untukmendeteksiadanyagangguanperedarandarah b. 50Fe untukmenetahuilakupembentukanseldarahmerah c. 131I untukmendeteksigetahtiroiddalamkelenjergondok d. 60Co untukterapipengobatankanker e. 201Ti untukmendeteksikerusakanjantung f. 32P untukmendeteksipenyakitmata,tumor, hati,menghambat pembetukanseldarahmerah yang berlebih g. 133Xe untukmendeteksipenyakitparuparu h. 99Tc untukmendeteksitulangmanusia Padadasarnyaada 2 carauntukmendeteksiradioaktifitaspadahasilsuatureaksibiokimiamolekular yang dilakukandenganmenggunakanbahanradioaktif Yaitu : 1. Denganprinsipautoradiografi : padapenetuanurutanbasa DNA ataufrgamen DNA. HAsilnyakemudiandielektroforesispada gel poliakrilamide. Selembar film sunar X diletakandiatas gel poliakrilamidetersebut, sehingga radioaktifitas yang memancardari gel akanmengenailembarsinar X tersebut akanmembentukcitrasesuaidenganpolaurutan fragment polinikleotida

  7. A B C D E F Morphology of Hela cells were stained by TUNEL assay view under LCSM Figure 5 : Confocal micrograph of LCSM . A control of HeLa cells, B shows condensation of nucleus, C shows membrane blebbing, D shows morphological starting of nucleus fragmentation, E shows nuclear fragmentation and F shows nuclear break-down dan form apoptotic body

  8. Contoh : ekspresi dari onkogen c-myc pada sel kanker rahim setelah diobati 72 jam dengan ekstrak neem Figure 10. Efek dari xtract ethanol dari A.indica (neem) thd ekpresi gen c-myc pada sel kanker rahim (HeLa). . Note: s is standard, n is normal control (housekeeping genes), ut is untreated and t is treated

  9. Apoptotic DNA laddering Figure 9 : DNA Ladder assayed with apoptoric DNA laddering kits. Line N DNA mix ladder. Line 1 Hela untreated, line 2 Hela treated cells by EtOh leaves extract of A. indica

  10. DNA Nucleotide Sugar Bases Phospate (DNA) • Truktur DNA dianalisa oleh James Watson & Francis Crick in 1953 • DNA adalah sebuah polimer pembangun unit nya terdiri dari pospat, deoxyribosa dan basa nitrogen are attached. • Two strands form a double helix

  11. DNA and Base Complementarity Cytosine (C) Adenine (A) Guanine (G) Guanine (G) Thymine (T) Thymine (T) Guanine (G) Adenine (A) Cytosine (C) Adenine (A)

  12. Aplikasidanperkembanganmolekuler 1. Mutasibuatan : yaitumutasi yang ditujukanuntukmerubahsusunan gen, sehinggasifat yang diturunkan pun berubah. Mutasibuataniniumumnyamenggunakanradiasi, contohnya : padivariasiAtomita I dan II, kedelaivariasiMuna. 2. Transplantasi gen / Penyisipan gen / Teknologi Plasmid: yaitupenyisipan gen organismesatukegenomorganisme lain, dengantujuanuntukproduksisuatusenyawadalamskalabesardancepat, untukterapimedis, atauuntukmengatasimasalahlingkungan. 3. Hibridoma: yaituteknikpencangkokanseldenganmaterigenetikdariselyang lain, yang umumnyadigunakanuntukterapimediskekebalantubuh(imunoterapi) dankanker. Contohnyapemasukkangenompenghasilantibodidarisellimfosit, kedalamselkanker yang sangatcepatberploriferasi, sehinggaselkankertersebutdapatmenghasilkanantibodidandapatmelawanselkankerlainnyaatauzatasing yang masukkedalamtubuhdengancepat, yang secaranormal tidakbisadiatasiolehantibodidarisellimfositsaja. 4. Kloning : yaituteknikperbanyakansel, jaringanatauorganismesecaraaseksual, bias melibatkanduaindukatausatuinduk. THIS IS SEKUEN TARGET PICTURE

  13. Sekuen Target DNA/ RNA diperoleh dari hasil isolasi/ purifikasi target organisme Target Sequence DNA Strand Double Helix DNA Strand Supercoiled DNA Strand Chromosome

  14. Abstrak Penelitiantransformasifragmen DNA Xanthomonascampestriskedalam Escherichia coli DH5αα, digunakanvektor plasmid Escherichia coli (pUC19). DNA kromosomdiisolasidenganmetoda CTAB. DNA plasmid diisolasidenganmetoda alkali lisis. Keduasumber DNA dipotongmenggunakanenzimrestriksiEcoRI. Selkompetendisiapkandengan CaCl2, transformasi menggunakanmetodakejutanpanas. Hasiltransformasididapatkansebanyak 5 koloniputih (yang mengandungfragmen DNA), denganfrekuensitransformasisebesar 1,22 x 10-8 koloniputih/selkompeten. Elektoforesisagarosamenunjukkan variasiukuran DNA fragmensebesar 0,5 – 7,5 kb. Penelitianlebihlanjutperludilakukandenganpembuatanpustakagenom untukmendapatkanhasiltransformasi yang lebihbanyak.

  15. Enzim protease berfungsisebagaibiokatalisatorreaksi, mempunyaiperanan yang pentingdalamindustri, obatobatan dan makanan. Penggunaan yang sangat luas ini karenasifatnya yang sangatspesifik, mampuaktifdalamkonsentrasirendah, selektif, aktifpada pH dansuhuyang sempit. Kebutuhanakanenzim yang selalumeningkatdi Indonesia, memacuuntukmendapatkanmikroorganisme yang potensialdaribumipertiwi. Xanthomonascampestrismerupakanbakteri gram negatifumumnyabersifatpatogen pada tanaman kedelai. Bakteri ini juga mampu menghasilkanenzimprotease yang tinggi. Pendekatanmolekular, merupakansalahsatuusaha yang tepatuntukpeningkatanproduksienzim protease. Ketergantungan Indonesia akanenzim protease terlihatadanyaimport yang setiaptahunselalubertambah. Kekayaanbiodiversitasdi Indonesia yang selamainihanyadimanfaatkanolehpenelitiasing, menjanjikanmikroorganismeyang mampumenghasilkanenzimprotesedalamjumlah yang besarkarenamikroorganismemerupakanpabrikdarisegalaenzim. PenelitianpendahuluanmenunjukkanXanthomonascampestrismampumenghasilkanenzimprotase. Secaramolekulardapatdipindahkan gen protease daribakteritersebutkedalamEscherichia coli, jikadidapatkaninang yang cocok, makaenzim protease akandihasilkandalamjumlah banyak.

  16. TERIMA KASIH

More Related