生命情報学入門タンパク質の分類法演習 2011 年 6 月 14 日

生命情報学入門タンパク質の分類法演習2011年6月14日生命情報学入門タンパク質の分類法演習2011年6月14日阿久津　達也京都大学　化学研究所バイオインフォマティクスセンター

SVMによる細胞内局在性予測 • 各器官ごとにSVMを学習 • 器官X • 器官Xに輸送されるタンパク質配列を正例 • それ以外のタンパク質を負例 • 最も高いスコアを出力したSVMに対応する器官を予測結果とする

膜タンパク質の膜貫通領域予測 • 膜貫通領域: αへリックス • 7～１７残基程度の疎水性指標の平均値をプロット • 平均値が高い部分が膜貫通領域と推定

細胞内局在性予測演習 • Target-Pのページからデータを取得 • http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/datasets/datasets.php • Plant の各5種類から、それぞれ１個づつ配列を選ぶ • 最初の配列以外を選ぶ • 配列はfasta をクリックし、その中から１個を選んではコピーする • 配列1個は不等号（＞）から次の不等号（＞）の前まで • SLPFA • http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~tamura/slpfa.html • コピーした配列を枠内に貼り付けて、submit をクリック • 結果が、Target-Pの情報と一致するかを調べる • 配列データ、SLPFAの予測結果、一致したか？を記載

膜貫通領域予測 • SCOPのページからデータを取得 • http://scop.berkeley.edu/ • top of the hierarchyから順にたどり膜タンパクと、それ以外のタンパクのデータを１個ずつ取得 • 配列データは PDB entry XXXXのところで、local cashed copyをクリックして配列を１個取得 • 配列1個は不等号（＞）から次の不等号（＞）の前まで • SOSUIおよびPhobius による膜貫通領域予測 • http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/sosui_submit.html • http://phobius.sbc.su.se/ • コピーした配列を枠内に貼り付けて、クリック • 結果の画面をセーブしてメールに添付 • ２種類のソフトの結果を比較した結果を数行にまとめる

レポートの提出法 • 局在性予測：以下の情報をテキストとしてメール本体、もしくは、WORDファイルに記載 • ５種類の配列データ • それぞれに対するSLPFAの予測結果 • Target-Pの分類と一致したか？ • 膜貫通領域予測 • ２種類の配列データとそのFoldクラス：テキスト • それぞれのデータに対するSOSUIおよびPhobiusの予測結果の画面：添付ファイル • SOSUIおよびPhobiusの予測結果の比較 • 感想、要望、改善すべき点 • あれば記載、特になければ記載不要 • 提出先 • xxx　および yyy へメールを送付 • 件名は「生命と情報レポート課題」とする • 名前、学部学科、学年、学籍番号を明記。締め切り：６月２１日午後8時。

生命情報学入門タンパク質の分類法演習 2011 年 6 月 14 日