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Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed. Dernière mise à jour : 24/10/2012. Base de données spécialisée : PubMed. PubMed et Medline Le thésaurus MeSH Recherche MeSH à partir de l’interface NLM

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Presentation Transcript

  1. Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed Dernière mise à jour : 24/10/2012

  2. Base de données spécialisée : PubMed • PubMed et Medline • Le thésaurus MeSH • Recherche MeSH à partir de l’interface NLM • Exploitation des résultats • Recherche à partir de l’interface Cismef • Recherche avancée • Le compte MyNCBI Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr

  3. 1. PubMed et Medline PubMed -http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/ NLM (National Library of Medecine) et NIH (National Institutes of Health) • Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie, sciences chimiques, bio ingénierie, principalement Medline + autres références (articles non encore indexés par la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed Central) • Plus de 22 millions de notices • Remonte à 1946 • Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project, PubChem, etc.

  4. 1. PubMed et Medline Jubil > Ressources en lignes > Les bases de données

  5. 1. PubMed-UPMC PubMedest accessible gratuitement sur Internet mais PubMed-UPMC, accessible depuis Jubil et sur http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ifrbiusjlib, vous permet d’afficher le bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC

  6. 1. Liste de résultats PubMed-UPMC Le mode d’affichage Abstract permet d’afficher dès la liste de résultats le bouton SFX

  7. 1. Principales fonctionnalités de PubMed • Interface de recherche • Recherche depuis l’interface PubMed ou MeSH • Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc. • Opérateurs : AND, OR, NOT • Filters: affiner les résultats par type de publication, tranche d’âge, humains/animaux, etc. • Recherche avancée • Searchbuilder: construire une équation de recherche en combinant des champs • Searchhistory: historique des recherches • Résultats • Différentes options d’affichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.) • Clipboard : sélectionner jusqu’à 500 références pour les sauvegarder, imprimer, etc. - valide 8 heures • Searchdetails: détails sur la recherche en cours

  8. 2. Le thésaurus MESH Par Iguanasan Source : Flickr

  9. 2. Le thésaurus MESH • Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés: le MeSH • MeSH pour MedicalSubjectHeadings • Intérêt du MeSH : • gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism) • permet de chercher sur le sujetseulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell) • permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier

  10. 2. Le thésaurus MESH • 15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals and drugs, etc. • Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B pour organisms, C pour disease • Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées par la lettre de la branche principale + 1 chiffre

  11. 2. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH On part du + général pour arriver au + précis

  12. 2. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences

  13. 2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH Sans utiliser le MeSH Sans MeSH : Mapping PubMed cherche automatiquement une correspondance avec le terme recherché : • dans le MeSH, • puis dans l’index des titres de revue, • puis dans l’index des auteurs. La recherche est lancée en + dans tous les champs (résumé, auteur, etc.). En utilisant le MeSH Avec MeSH PubMed cherche uniquement dans les mots-cléMeSH attribués par les documentalistes de la NLM.

  14. Comment ça marche? Par zigazou76 Source Flickr

  15. 3.Recherche MeSH à partir de l’interface NLM OU

  16. 3. Détail d’un terme MeSH Terme et champ d’application Permettent de préciser la recherche Qualificatifs possibles Explosion et pondération Synonymes Termes associés Hiérarchie

  17. 3. Détail d’un terme MeSH : les qualificatifs • Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect microbiologique, Aspect radiographique). • En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être par + de 45 termes. • Appliquer des qualificatifs • à partir du MeSH • syntaxe descripteur/qualificatif • ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh] • code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non) • ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh]

  18. 3. Détail d’un terme MeSH : l’explosion • Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de recherche • Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence • Désactiver l’explosion • à partir du MeSH • en utilisant le utiliser le code [mh:noexp]

  19. 3. Détail d’un terme MeSH : la pondération • La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article • Appliquer la pondération • à partir du MeSH • en utilisant le code [majr] • en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le code [majr:noexp]

  20. 3. Recherche MeSH - interface NLM 1 2 1 Search builder : ajouter des qualificatifs, la non-explosion, combiner des termes 2 Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou avec pondération

  21. 3. Recherche MeSH - interface NLM

  22. 4. Exploitation des résultats Par DrJohnBullas Source Flickr

  23. 4. Changer d’affichage • Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation • Abstract : résumé + bouton SFX

  24. 4. Affiner les résultats avec les filtres • Seuls les filtres pertinents (i. e. s’appliquant aux résultats de la liste) sont proposés. • Les filtres sont actifs pour toutes les recherches tant qu’ils n’ont pas été supprimés Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles pour lesquels une version en ligne existe

  25. 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : RSS Créer un flux RSS sur une requête

  26. 4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : export d’un fichier de références

  27. 5. Recherche à partir de l’interface CISMEF

  28. 5. Recherche CISMEF : pourquoi? L’interface du CISMEF permet d’interroger la traduction française du Mesh et de lancer directement une requête dans PubMed.

  29. 6. Recherche avancée

  30. 6. Recherche avancée : Search builder 1 2 choix du critère de recherche envoi automatique vers la fenêtre de recherche 3 choix de l’opérateur booléen accès aux index Search = lancer la recherche Add to history = ajouter à l’historique de recherche, pour combiner la requête avec une autre

  31. 6. Recherche avancée : Searchbuilder Equation de recherche construite au moyen du Search builder • Combiner les termes recherchés • Opérateurs booléens (en majuscules) • AND / OR / NOT • (AND) par défaut (en majuscule !) • Troncature (transpl*) + guillemets (« kidneyallograft »)+ parenthèses

  32. 6. Recherche avancée : Search history Modifier l’équation de recherche créée dans le Search builder Historique automatique, conservé 8 heures Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes

  33. 6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés en MeSH, notamment les articles les plus récents en cours d’indexation Pas encore paru en imprimé

  34. 6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents [TIAB] = champs titre et résumé NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) = exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc indexé en MeSH, et les articles les + anciens, non indexés en MesH Construire une équation de recherche, en utilisant tous les synonymes (Entry terms) du terme MeSH retenu

  35. 7. Compte My NCBI • Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche • Personnaliser l’interface • Définir des filtres sur les résultats de recherche Par Edwård Source Flickr

  36. 7. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées Nouveaux résultats correspondant à la requête Alerte par courriel

  37. 7. Compte My NCBI : filtrer les résultats LinkOut: liens à d’autres bases, au texte intégral, etc. Properties : dates, limites PubMed, etc. Links : liens vers PubMed Central et ressources NCBI, etc. Create custom filter : créer un filtre à partir d’une requête

  38. 7. Compte My NCBI : filtres d’accès • ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP • ifrbinslib: articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm

  39. 7. Compte My NCBI : filtres d’accès JUBIL: articles parus dans des revues accessibles via les abonnements de la BUPMC Revues en ligne signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Revues imprimées signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC : Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX : privilégiez ce dernier pour l’accès au texte intégral (et aux autres services qu’il propose)

  40. 7. Compte My NCBI : filtres Properties Possibilité d’utiliser simultanément15 filtres maximum sur PubMed

  41. 7. Compte My NCBI : paramétrer l’interface Auto-complétion Affichage des résultats de recherche

  42. LigerCat - http://ligercat.ubio.org/articles Interrogation par recherche simple et nuage de mots MeSH Interroger PubMed autrement?

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