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Interrogation des banques de séquences sur différents serveurs

Interrogation des banques de séquences sur différents serveurs. SRS (EBI) DKFZ, NL ACNUC (Lyon) Expasy _ UNIPROT NCBI UCSC EnSembl ENCODE. European Bioinformatic Institute (EBI). http://www.ebi.ac.uk/. http://www.ebi.ac.uk/services. SRS http://srs.ebi.ac.uk/srs7.

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Interrogation des banques de séquences sur différents serveurs

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Presentation Transcript

  1. Interrogation des banques de séquences sur différents serveurs • SRS (EBI) DKFZ, NL • ACNUC (Lyon) • Expasy _ UNIPROT • NCBI • UCSC • EnSembl • ENCODE

  2. European Bioinformatic Institute (EBI) http://www.ebi.ac.uk/

  3. http://www.ebi.ac.uk/services

  4. SRS http://srs.ebi.ac.uk/srs7 http://www.dkfz.de/srs/

  5. 4 niveaux de requêtes : sélection des champs (par défaut l'ensemble des champs indexés) • Liens entre les niveaux : AND (par défaut) OR et BUTNOT • Extension des mots par * (défaut) . (case wildcard *) • Utilisation des opérateurs logiques : & (et) , | (ou) , ! (but not) dans un champ • Opérations plus complexes dans un champ: (critere1* | critere2*) & ( critere3 ! critere4) En général les requêtes doivent se faire sur des mots simples (éventuellement liés par des opérateurs logiques) : "globin & mouse" et non "globin mouse" Seuls les champs organismes sont composés : homo sapiens (et non homo & sapiens) Certains champs sont numériques : SeqLength, avec bornes max et min (1000:50000) • Output fields: Sélection des champs à visualiser dans la liste résultante • Display list: Affichage des réponses sous forme de liste (par défaut) ou de tableau • Sequence Format: Sélection des formats de séquences • Info: Liste et description du champ Alltext ou du champ sélectionné

  6. Liste sélectionnée :Affichage sous forme de tableau Affichage de la liste résultante :un clic sur une ligne de la liste visualise le document associé

  7. Sauvegarde de séquences (format FASTA) ID: 5HT1A

  8. Links sur d autres databases Sélection des banques pour établir des liens avec une vue particulière (ici la liste seule des identifieurs) Par défaut : recherche de liens vers les banques cibles L'opération réverse (non symétrique) permet de sélectionner les entrées dans les banques cibles qui ont comme liens l'ensemble source) Exemple : 5 séquences SwissProt ayant un lien avec 3 entrées PROSITE. Réversement, les 2 signatures PROSITE peuvent avoir 10 ou 20 liens avec des séquences SwissProt.

  9. Historique des Query : Results Q5 > SwissProt construction d'équation permettant l'obtention de cibles : Q5 & Q6 Q5>SwissProt > PDB SwissProt >PDB ....

  10. http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/BN000065

  11. http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

  12. http://doua.prabi.fr/templates/services

  13. sequence name accession species organelle molecule ... autres queries : organelle= mitochondrion and keyw= complete genome key=*globin* and species=hominidae and molecules = mrna

  14. Notion de sequences-filles (add subsequences - PE, RNA ..)

  15. en général : Fasta Direct sending

  16. http://www.expasy.org/

  17. UNIPROT

  18. 3 nodes au début Nucleotides Proteines Biblio URL obsolète

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