Amélioration génétique de la viabilité des poules pondeuses à partir d’une analyse de survie

1. Amélioration génétique de la viabilité des poules pondeuses à partir d’une analyse de survie Faure Nina Fauriat Alexandre Kalogreas Elsa Benevent Marie

2. Introduction • La demande de filière avicole oriente la sélection vers de nouveaux caractères : -Qualité des produits -Résistances aux maladies -Réduction des rejets • Espèce avicole : caractéristiques biologiques favorables à la sélection

3. Introduction • Elevage aviaire : 2 périodes =>Période d’élevage (0 à 100 jours) =>Période de production (100 à 365 jours) • Deux types d’effets : Effets fixes (non génétiques) : lumière, alimentation, densité, habitat, climat… Effets génétiques : but de l’étude

4. Plan • Objectifs de l’étude • Matériel et méthodes • Analyses statistiques et génétiques • Résultats • Discussions • Conclusion

5. Objectifs de l’étude • Mesurer la partie génétique de la viabilité des poules pondeuses. • On mesure l’influence génétique de la durée de la période de production et d’élevage (LRL et LPL : paramètres génétiques). • =>étude dans un environnement contrôlé pour ôter l’effet non génétique.

6. Matériel et méthode • Elevage : 109160 poules pondeuses en 17 troupeaux de 4 à 8 générations + 3 troupeaux de parents pour le pedigree • En production : 100665 en cages individuelles • Mesure de la viabilité sur deux périodes : Période d’élevage (PR) Période de production (PP)

7. Matériel et méthode • On élimine des données (taux de censure), les poules vivantes à la fin de chaque période RP : 97,8% PP : 94,1% • Raison : impossibilité de connaître leur durée de vie réelle ( car arrêt des observations)

8. Analyses statistiques • 1) Modèle mixte complet = Modèle Cox stratifié • Mesures des effets génétiques et non génétiques (effets maternels et paternels…) • Pbs : modèle compliqué et difficile à utiliser (7heures 20)

9. Analyses statistiques • 2)Modèle génétique pur = Modèle Weibull • Mesures des effets génétiques (seulement les effets père et mère) • =>Plus facile et rapide à utiliser (13 minutes) • =>Vérifier si cette approximation est valable. Pour LPL, les analyses ont montré que le modèle Cox simplifié ne peut être utilisé

10. Analyses statistiques • 3)Ajout suivant les générations des informations des frères et des sœurs • =>augmente la précision => diminue la variance • =>permet d’éliminer d’autres effets non génétiques comptabilisés dans les effets génétiques du modèle pur Weibull

11. Résultats • Taux de survie En élevage : 97,8% En production : 94,1% • Les taux de survie sous environnement contrôlé sont élevés.

12. Résultats Linéarisation de la fonction de survie [log {-log S(t)}] en fonction de log(t) PP RP

13. Mesure de la survie en fonction du temps • Constat : cassure au moment de la mise en cage individuelle • =>confirme la différence des taux de viabilité dans les deux périodes • =>On étudiera donc l’influence de la durée de ces deux périodes (LRL et LPL) sur la viabilité séparément

14. Sélection simulée • S(t) en fonction de t pendant la RP

15. Sélection simulée RP • Taux de viabilité diminue de 100 à 98% (97,7%)en 100 jours • Il chute dans les premiers jours de vie • Reste stable le reste du temps=>le moment de mise en cage influence peu le taux

16. Sélection simulée • S(t) en fonction de t pendant la PP

17. Sélection simulée PP • Taux de viabilité diminue de 100 à 97% (95,3%) en 300 jours • La chute de plus en plus rapide peut permettre d’estimer une date de réforme économiquement rentable

18. Sélection simulée • Comparaison des deux courbes

19. Sélection simulée Comparaison • La différence de viabilité entre les deux groupes augmente au cours du temps dans la PP alors qu’elle reste stable dans la PR • A la fin de la PR celle-ci reste faible (0,3%) alors qu’à 300 jours de la PP elle est de 1,7%. Intérêt de sélection (PP)

20. Sélection simulée • Cette analyse a mis de côté quelques aspects importants : -Elle a été faite sur des animaux déjà sélectionnés (lignées pures) pour leur production -Les couples ont été formés artificiellement

21. Estimations des paramètres génétiques

22. Estimations des paramètres génétiques • Pour LRL, confirmation de l’utilisation de l’approximation de Cox par Weibull car les résultats sont identiques • Pour LRL, l’héritabilité est forte, et pour LPL, l’héritabilité est moyenne. La sélection sera plus efficace si on l’effectue sur LRL plutôt que sur LPL • L’ajout de l’effet frère-soeur diminue bien la variance et donc l’héritabilité.

23. Estimations des paramètres génétiques • En faisant varier un des paramètres de calcul, la variance frère-soeur atteint des valeurs quasi nulles. Deux interprétations sont possibles : • 1) Aucun effet frère-soeur. Cela semble peu probable vu que l’ajout de cet effet fait chuter l’héritabilité. • 2) La censure des données a été trop restrictive

24. Corrélations entre les différents modèles ?

25. Corrélations entre les différents modèles Les corrélations entre deux périodes différentes sont très proches de 0 • =>démontre l’indépendance de ces deux caractères. Donc la sélection sur un des deux périodes n’influence pas l’autre • =>justification de l’étude séparée des deux périodes • =>la production n’interfère pas avec la croissance pendant la RP • =>Pas de compétition entre animaux dans les cages individuelles

26. Corrélations entre les différents modèles • La corrélation est un peu plus haute quand on ajoute les effets frère-soeur. Inexplicable • Pour un même caractère, les hautes corrélations (>0,994) confirment toujours la possibilité d’utiliser les différents modèles.

27. Discussions • Une mortalité importante Pendant la PP : tout cheptel => forte influence économique (rentes) Pendant la RP: influence uniquement les jeunes =>seulement sur les coûts de production • L’étude est plus intéressante pendant la PP pour nos poules pondeuses

28. Discussions • Etude pendant la RP : modèle intéressant dans les élevages d’engraissement (poulets et dindons) • Poulets de chair : le taux de mortalité atteint 5%. Il devrait augmenter avec l’incidence de certaines maladies (ascites, mort subite). Une sélection efficace devrait minimiser cet effet.

29. Discussions • Pas d’études des effets environnementaux =>possible que leur influence soit bien plus importante que les effets génétiques testés =>Exemple : la durée d’éclairage, le confort (perchoir, nid...), l’alimentation…

30. Discussions • Environnements de sélection et d’élevage très différent =>Difficulté d’utilisation des caractères sélectionnés en élevage =>Peu de possibilité d’adaptation de cette étude en pratique

31. Discussions • Contrairement aux effets génétiques, la gestion de l’environnement pendant la RP est capitale car conditionne la PP • Plus facile à mettre en pratique dans les élevages

32. Bibliographie • Genetic improvement of laying hens viability using survival analysis INRA (V.Ducrocq, B.Besbes, M.Protais) • Cours de premier doctorat, génétique quantitative (J.Detilleux) • Cours de premier doctorat, clinique aviaire (D.Marlier) • Cours de premier doctorat d’écologie (B.Nicks) • http://www.inra.fr/productions-animales/an2004 /num241/beaumon/cb241.htm