1 / 28

Lektion 6: Kvantitative egenskaber, avlsværdi og heritabilitet

Lektion 6: Kvantitative egenskaber, avlsværdi og heritabilitet. Kvantitative egenskaber Fæno- og genotype værdi Avlsværdi Dominansafvigelse Additiv varians Heritabilitet. Kvantitative egenskaber. Fænotype = Genotype + miljø (P = G + E) Middelværdi ( m) Spredning (s)

johnna
Télécharger la présentation

Lektion 6: Kvantitative egenskaber, avlsværdi og heritabilitet

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Lektion 6: Kvantitative egenskaber, avlsværdi og heritabilitet • Kvantitative egenskaber • Fæno- og genotype værdi • Avlsværdi • Dominansafvigelse • Additiv varians • Heritabilitet

  2. Kvantitative egenskaber • Fænotype = Genotype + miljø (P = G + E) • Middelværdi (m) • Spredning (s) • QTL (Quantitative Trait Loci)

  3. Kvantitative egenskaber, avlsværdi og heritabilitet • Fedtprocent hos SDM: Middelværdi (m) = 4,3% Spredning (s) = 0,25% • Fedtprocenthos Jersey: Middelværdi (m) = 6,4%

  4. Fænotypeværdi (P) • Fænotypeværdi = egenpræstation • Fænotypeværdi kan måles og vurderes i forhold til populationens middelværdi • Fænotypeværdien bestemmes af genotypeværdien (G) og miljøpåvirkningen (E)

  5. Genotypeværdi (G) • Samlede effekt af alle gener i alle relevante loci • Fænotypemiddelværdien (Pg) af individer med samme genotype

  6. Avlsværdi (A) A = 2(`Pg -`Ppop) `Pg

  7. Genotypeværdi og dominansafvigelse Dominans heterozygot = gns. (homozygoter) 

  8. Genotypeværdi og dominansafvigelse • I tilfælde af dominans for et lokus er genotypeværdien bestemt af avlsværdien plus typen og udstrækningen af dominans • G = A + D (et lokus) • Dominans: Vekselvirkning indenfor et lokus

  9. Dominanstyper • Ingen dominans: Heterozygotens genotypeværdi er gns. af de to homozygoters • Fuldstændig dominans: Heterozygotens genotypeværdi er som en af de to homozygoters • Overdominans: Heterozygotens genotypeværdi ligger udenfor de to homozygoters

  10. Beregning af definitionsmæssig middelværdi P(A1)= 0,3 q(A2)= 0,7 Musevægte med genotyperne: A2 A2 A2 A1 A1 A1 6 12 14 gram Ppop= (genotypeværdifrekvens) = 60,72 + 122 0,70,3 + 140,32 = 9,24

  11. Beregning af definitionsmæssig avlsværdi for et individ Individ  A1A1 Population A1 A2 p(A1A1 afkom) = 1p = 10,3 p(A1A2 afkom) = 1q = 10,7  PA1A1= 140,3 + 120,7 = 12,6

  12. Beregning af definitionsmæssig avlsværdi, fortsat PA1A1 = 12,6 `Ppop = 9,24 AA1A1 = 2(`PA1A1 -`Ppop) = 2( 12,6 - 9,24) = 6,72 På fænotypeskala: AA1A1 = 2(`PA1A1 -`Ppop) +`Ppop = 6,72 + 9,24 = 15,96

  13. Genotypeværdi, avlsværdi og dominansafvigelse • Effekten på en kvantitativ egenskab af enkelte loci er vanskelig at identificere • Løsning: Ignorer de enkelte gener og betragt problemet kvantitativt!…eller benyt QTL

  14. Beregning af middelværdi: Eksempel Genotype: TT Tt tt Kg mælk: 1882 1882 2082 Genotypefrekvens: p2=0,45 2pq=0,44 q2=0,11 pT = 0,67 og qt = 0,33 Ppop = 0,451882 + 0,441882 + 0,112082 = 1904 kg

  15. Beregning af miljøpåvirkning: Eksempel PTT = 1882 kg Mathilde: P = 1978 kg mælk E = +96 Maren: P = 1773 kg mælk E = -109 P = G + E

  16. Beregning af avlsværdi for heterozygot • Et dyrs avlsværdi er ikke nødvendigvis lig med dets genotypeværdi • Avlsværdien af en heterozygot er gennemsnittet af avlsværdierne for de to homozygoter • ATt = (ATT + Att)/2

  17. Beregning af avlsværdi og dominansafvigelse A = 2(`Pg -`P ) p(T) = 0,67 q(t) = 0,33 ATT = 2((-22  0,67 + -22  0,33) - 0) = -44 Att = 2((-22  0,67 + 178  0,33) - 0) = 88 ATt = (ATT + Att)/2 = 22 TT og Tt Middelværdi tt 1882 1904 2082 -22 0 +178

  18. Beregning af dominansafvigelse Genotype G = A + D TT -22 = -44 + 22 Tt -22 = 22 + (-44) tt 178 = 88 + 90

  19. Additiv varians (2A) • Den genetiske varians (2G) for et lokus skyldes forskelle i avlsværdi eller i dominansafvigelse • 2A beregnes som middelværdien af de additive genetiske afvigelsers kvadrat • Forskelle i avlsværdi skyldes 2A

  20. Additiv varians • 2A = (genotypefrekvens  (A - P) 2) • 2A = (-44-0)2 0,45 + (22-0)2  0,44 + (88-0)2  0,11 = 1926

  21. Fænotypisk varians 2p estimeres direkte som variansen af registreringerne

  22. Heritabilitet • Andelen af den fænotypiske varians der kan tillægges den additive varians kaldes heritabilitet • h2 = 2A/ 2p

  23. Heritabilitet og fælles milieu • Fælles miljø (c2) • Heritabilitet beregnes lettest som korrelation mellem halvsøskende da de normalt kun har fælles gener og ikke fælles miljø

  24. Heritabilitets estimering • R = h2  S h2 = R/S • Heritabilitet er den andel af forældrenes fænotypiske overlegenhed, der ses i deres afkom

  25. Heritabilitets estimering, selection experiment R = h2  S h2 = R/S h2 = R/S = 50/((225 +0)/2) = 0.44

  26. Heritabilitets estimering, fortsat • Heritabiliteten kan bestemmes som den beregnede korrelation (r eller t) mellem beslægtede individer i forhold til slægtskabsgraden (a) • h2 = r / a r = a  h2

  27. Estimering af fælles miljø • Korrelationen mellem beslægtede individer: t = a  h2 + c2 Vægt afkom Vægt mor

  28. Eksempel: Estimering af heritabilitet og fælles miljø • Halvsøskendekorrelation: t = 0,03 1/4  h2 + 0 = 0,03 h2 = 0,12 • Helsøskendekorrelation: t = 0,41 1/2  h2 + c2 = 0,41 1/2  0,12 + c2 = 0,41 c2 = 0,35

More Related