EXAMEN CYTO-BACTERIOLOGIQUE DES URINES

1. EXAMEN CYTO-BACTERIOLOGIQUE DES URINES Hortense GONSU KAMGA M�decin biologiste FMSB / CHUY

2. UROCULTURE:TECHNIQUES D�ANALYSE (suite) I. Choix des milieux II.Modes d�ensemencement III.Appareils et m�thodes automatiques IV.Incubation des urocultures V. Interpr�tation de l�ECBU

3. UROCULTURE: I. choix des milieux de culture Milieux non chromog�nes Les milieux les plus usuels �taient adapt�s � la croissance des ent�robact�ries + indicateur de l�attaque du lactose permettant une diff�renciation des colonies *non s�lectifs: CLED, milieu lactos� au bromocr�sol pourpre BCP OU *s�lectifs: g�loses Mac Conkey / GS+ANC

4. UROCULTURE: I. choix des milieux de culture Milieux chromog�nes Principe: Utilisation des substrats synth�tiques qui sont des analogues structuraux d�une mol�cule naturellement cliv�e par une enzyme caract�ristique d�une esp�ce bact�rienne ou d�un groupe d�esp�ces bact�riennes Le substrat cliv� acquiert des propri�t�s chromog�niques et pr�cipite en colorant la colonie sans diffuser dans la g�lose La plupart des milieux chromog�nes utilisent un jeu de diff�rents substrats permettant une bonne diff�renciation des colonies et une identification pr�somptive de ou des esp�ces bact�riennes pr�sentes dans l�urine

5. UROCULTURE:I. choix des milieux de culture Milieux chromog�nes Avantages: Discrimination plus fine des colonies Meilleure sensibilit� de d�tection des urines pluri microbiennes Identification directe de E.coli, Enterococcus spp et Proteus mirabilis � l�aide de tests compl�mentaires simples(indole, �tat frais) Rendu d�identification plus rapide au clinicien �ventuelle adaptation de l�antibioth�rapie probabiliste Economie substantielle en r�actifs et en temps-technicien

6. UROCULTURE:I. choix des milieux de culture Milieux chromog�nes Limites: De rares souches de Citrobacter freundii indolog�nes d�pourvues de �-D-galactosidase peuvent �tre identifi�es � tord comme E. coli Quelques souches d�Enterobacter spp, et de Citrobacter spp, ont �t� d�crites avec un ph�notype de �-D-glucuronidase

7. UROCULTURE Milieux chromog�nes Limites: Le microbiologiste, du fait de la plus grande diversit� des ent�robact�ries rencontr�es devra rester vigilant et bien contr�ler l�ad�quation entre l�identification et l�antibiogramme Possibilit� de confusion entre un ent�rocoque et un streptocoque du groupe B (infection urinaire chez la femme enceinte ou le NN�)

8. UROCULTURE:I. choix des milieux de culture Autres milieux (1) En fonction du contexte clinique ou du Gram: Suspicion de tuberculose: milieux ad�quats Cystite h�morrhagique chez ID, recherche de Corynebacterium urealyticum sur g�lose au sang incubation >24h

9. UROCULTURE:I. choix des milieux de culture Autres milieux (2) Si pr�sence de germes � l�examen direct et culture n�gative en 24h: *recherche d�ana�robies sur g�lose au sang en ana�robie pdt 48h *recherche de germes exigeants sur g�lose au chocolat sous CO2 pdt 48h En pr�sence des levures:1 milieu Sabouraud ou 1milieu chromog�ne pour levures(ID�Candida albicans) � 30�C

10. UROCULTURE:II. Modes d�ensemencement But D�nombrer les bact�ries Isoler la ou les bact�ries en cause avec colonies bien distinctes les unes des autres M�thode originale de Kass (dilution de 10 en 10) M�thode simplifi�e de V�ron (dilution au 1/100) M�thode de l�anse calibr�e (la +utilis�e) (10�l non dilu�) M�thode de la lame immerg�e (trempage)

11. UROCULTURE:III. Appareils et m�thodes automatiques But D�tecter les bact�riuries significatives Principe Cribler rapidement les urines(<1/2h) D�terminer les �chantillons � ensemencer

12. UROCULTURE:III. Appareils et m�thodes automatiques Avantage Traitement de plusieurs centaines d��chantillons d�urine par jour inconv�nients Chers � l�achat Les �chantillons positifs doivent �tre secondairement ensemenc�s Laboratoire � grosse client�le

13. UROCULTURE:III. Appareils et m�thodes automatiques Technologies d�velopp�es (1) Microscopie � flux coupl�e � un syst�me d�analyse d� image(IRIS iQ200) Syst�me de marquage fluorescent(Sysmex UF-100) Permet le compte des bact�ries, des leucocytes, des h�maties et la d�tection des cristaux, de levures

14. UROCULTURE:III. Appareils et m�thodes automatiques Technologies d�velopp�es (2) L�automate Cellenium-160US Le Coral UTI Screen system

15. UROCULTURE:IV. Incubation des urocultures Technologies d�velopp�es (3) 18 � 24h pour la majorit� des bact�ries Dans certains cas,modifier le milieu de culture (g�lose au sang ou chocolat), l�atmosph�re(ana�robiose et CO2) et prolonger l�incubation *bact�ries exigeantes *d�ficientes *culture n�gative malgr� la pr�sence de bact�ries � l�examen direct

16. UROCULTURE: V. Interpr�tation de l�ECBU I. Bact�riurie quantitative sur �chantillons obtenus par la technique du � milieu de jet � II.Bact�riurie quantitative sur �chantillon obtenus par une technique autre que le � milieu de jet � III. Cas particulier de la bact�riurie asymptomatique IV. Interpr�tation des discordances entre leucocyturie et bact�riurie

17. UROCULTURE: INTERPRETATION I. Bact�riurie quantitative sur �chantillons obtenus par la technique du � milieu de jet � Crit�res � prendre en compte par le bact�riologiste l�aspect monomicrobien ou polymicrobien de la culture la leucocyturie le contexte clinique les ECBU faits ant�rieurement les nombreux facteurs affectent le comptage des bact�ries le type de microorganisme retrouv�

18. UROCULTURE: INTERPRETATION Esp�ces responsables d�infections urinaires Gram n�gatif Escherichia coli Proteus mirabilis Klebsiella spp. Pseudomonas aeruginosa Autres ent�robact�ries Acinetobacter spp. Gram positif Enterococcus spp. Staphylococcus saprophyticus Staphylococcus aureus Streptococcus agalactiae Autres levures

19. UROCULTURE: INTERPRETATION II. Bact�riurie quantitative sur �chantillons obtenus par une technique diff�rente de celle du � milieu de jet � Les taux de bact�riurie significative varient selon le mode de pr�l�vement: Cas de ponction sus-pubienne; 104UFC/mL pour un volume � ensemencer de 100�l

20. UROCULTURE: INTERPRETATION III. Bact�riurie asymptomatique Pr�sence de bact�rie dans l�urine � un taux significatif en dehors de tout signe d�infection urinaire Recherche syst�matique dans deux contextes cliniques *chez la femme enceinte:risque de py�lon�phrite et d�accouchement pr�matur� * en pr�vision d�intervention sur voies urinaires: r�section transur�thrale de prostate ou ablation de sonde

21. UROCULTURE: CONTEXTES PARTICULIERS Tuberculose Leucocyturie sans bact�riurie; voir contexte clinique Patients immunod�prim�s Recherche de Coryn�bacterium urealyticum en cas de cystite h�morragique (cystite incrustante):g�lose au sang pr�sence de cristaux type phosphates ammoniaco-magn�siens ou PH urinaire alcalin Culture de levures sur milieu de Sabouraud si pr�sentes � l�examen direct Prostatite M�thode de Meares et Stamey Sur 3 �chantillons: sur 3i�me �ch nbre de bact�ries X10

22. UROCULTURE: INTERPRETATION IV. Contextes cliniques de discordance entre leucocyturie et bact�riurie

23. UROCULTURE:R�cap. des diff�rents cas de figures 

24. UROCULTURE:R�cap. des diff�rents cas de figures 

25. UROCULTURE: R�cap. des diff�rents cas de figures 

26. UROCULTURE: Identification et Antibiogramme Identification:fonction de type morphologique isol� et de l�examen direct Antibiogramme:fait en parall�le Tester ATB qui ont une bonne �limination urinaire/ B�ta-lactamines Quinolones et fluoroQ Cotrimoxazole Aminosides Fosfomycine Nitrofuranes Polypeptides NB: les macrolides et cyclines ont une mauvaise �limination urinaire; r�serv�s aux infections ur�trales

27. ECBU: COMMENTAIRES R�sultats d�finitifs avec commentaires clairement r�dig�s Doivent susciter le dialogue avec le clinicien Quelques remarques fr�quentes: Cas de souillure Si interpr�tation litigieuse; demander un nouvel ECBU Suspicion d�ITU iatrog�ne ; Pseudomonas Acinetobacter, Serratia Antibiogramme � titre indicatif parfois Surveillance de ITU par le labo: un contr�le de ECBU n�est n�cessaire que si �volution d�favorable (reprise T� ou de douleurs..)

28. ECBU FIN!