1 / 19

DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában

DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában. Kósa János Semmelweis Egyetem ÁOK I.sz Belgyógyászati Klinika. Nukleinsav adatbázisok. Nucleotide Sequence Databases RNA sequence databases Protein sequence databases Structure Databases

kedem
Télécharger la présentation

DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában Kósa János Semmelweis Egyetem ÁOK I.sz Belgyógyászati Klinika

  2. Nukleinsav adatbázisok • Nucleotide Sequence Databases • RNA sequence databases • Protein sequence databases • Structure Databases • Genomics Databases (non-vertebrate) • Metabolic and Signaling Pathways • Human and other Vertebrate Genomes • Human Genes and Diseases • Microarray Data and other Gene Expression Databases • Proteomics Resources • Other Molecular Biology Databases • Organelle databases • Plant databases • Immunological databases • …

  3. Néhány ismertebb genom adatbázis • NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov • EBI www.ebi.ac.uk • DDBJ www.ddbj.nig.ac.jp • Ensembl www.ensembl.org • GeneCardswww.genecards.org • KEGG http://www.genome.jp/kegg/ • HPRD http://www.hprd.org/ • TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tessTranscription Element Search System

  4. Példa I: Adott gén szekvenciájának letöltése, értelmezése • Feladat: a humán Bmp8a gén megtalálása, letöltése, e/i határok, leolvasási keret, fehérje szekvencia azonosítása, mRNS letoltese • GenBank: http://www.ncbi.nih.gov/Genbank/ • Search: Gene/Bmp8a, > human • NCBI ref seq: NM_181809 (mRNA) • Elmentjük a kódoló részt, PCR primer tervezéshez

  5. Példa II: PCR primer tervezés • Feladat: a humán Bmp8a gén konvencionális PCR-ben való monitorozásához PCR primereket terveznénk • Primer3 • http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3.cgi

  6. Példa III: Ismeretlen szekvencia azonosítása • Feladat: egy beteg kutya lépéből univerzális 18S riboszómális RNS primereket használva egy ismeretlen kórokozó DNS szekvenciáját azonosítottuk (szekvenátorral) a kérdés az, hogy melyik fajról (fajokról) van szó http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/ Basic Local Alignment Search Tool Szekvencia:AGACCAGACCAAATGGTCAAACCGCTAACGCAAAAATACAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAAGTTTAATATACGCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATTGCTACTCTGGTGAGGGT

More Related