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如何建立個人化的 PubMed 搜尋 及 PubMed 新首頁之介紹

如何建立個人化的 PubMed 搜尋 及 PubMed 新首頁之介紹. 梅滙潮醫師 嘉義基督教醫院 實證醫學中心. 資料來源 (March,2010). NLM 之 PubMed Tutorial http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/ PubMed Help http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp MEDLINE/PubMed Resources Guide

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如何建立個人化的 PubMed 搜尋 及 PubMed 新首頁之介紹

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Presentation Transcript

  1. 如何建立個人化的PubMed搜尋及PubMed新首頁之介紹如何建立個人化的PubMed搜尋及PubMed新首頁之介紹 梅滙潮醫師 嘉義基督教醫院 實證醫學中心

  2. 資料來源(March,2010) • NLM之PubMed Tutorialhttp://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/ • PubMed Help http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp • MEDLINE/PubMed Resources Guide http://www.nlm.nih.gov/bsd/pmresources.html

  3. 內容 • PubMed(包括最新首頁介面)之介紹 • 如何建立個人化之搜尋策略(search strategy) • 何謂MeSH,AutomaticTermMapping,及Automatic explosion • 搜尋工具(search tools)之介紹 • 如何search by citation • 如何search by field

  4. PubMed 介紹(一) • PubMed為一免費的生物醫學相關文獻之書目引文(bibliographic citations)及摘要(abstracts)資料庫。 • PubMed之發展與維護隸屬於美國國家醫學圖書館(National library of Medicine,NLM)轄下的國家生技資訊中心(National center for Biotechnology Information,NCBI)所負責。

  5. PubMed 介紹(二) • 部份的PubMed引文可經由NLM的PubMed Central及其他出版社的全文網站來提供免費的全文連結。 • 透過PubMed的Linkout功能，可到達PubMed以外的其他資源(如出版社網站、館際合作系統等)來獲得全文(大多需要收費)及其他資訊。 • 也可經由send to/ order選項到達NLM提供的Loansome Doc介面來獲取付費的全文。

  6. PubMed 介紹(三) • PubMed包括超過1900萬份生物醫學文獻的書目引文(bibliographic citations) ，來源主要自MEDLINE(Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) 資料庫。 • 來自80多個國家，超過5400份期刊，目前被NLM選定為MEDLINE的索引(indexed for MEDLINE) 來源。 • MEDLINE所收錄的文章均是以NLM的控制詞彙，則醫學主題標題(MedicalSubjectHeadings)的MeSH詞彙來作索引。 (Last reviewed and Last updated: 22 March,2010)

  7. PudMed與MEDLINE之差異(一) PubMed 除了MEDLINE的內容外，還包括： 1. 由出版社提供[PubMed-as supplied by publisher]或正在進行MeSH詞彙索引中的[PubMed - in process]類，這類引文最後可能歸入為[PubMed - indexed for MEDLINE]類或轉為out of scope status(領域外狀態)類。 2. 由出版社以電郵方式提供的引文，其刊登的期刊仍未被選定為MEDLINE索引，故不被歸類為MEDLINE的引文。

  8. PudMed與MEDLINE之差異(二) 3. 仍未被更新為目前詞彙索引的OLDMEDLINE引文(刊出時間自1948～1965年間，大多没有摘要，約190萬份) 。 4. 寄到 PubMed Central 內被NLM審核過的某些生命科學期刊的全文文獻。 5. 由美國國家衛生研究所(NIH)資助的研究者將其已被期刊接受刊登的研究成果寄到PubMed Central的Author Manscripts內的全文文章。

  9. PubMed新首頁介面介紹

  10. NCBI 之頁首，包括NCBI之各項資源(Resources)及How To之下拉選單。及My NCBI之Sign In/Sign out。 Search Bar 提供Limits, Advanced search 及Help三功能 Search Bar 保留原有的databaseselectionmenu Go button改為Search button

  11. 以前PubMed sidebar(左側區)之工具及資源 選項分別放在目前的PubMed Tools，More Resources及Using PubMed之下方

  12. PubMed首頁下之頁尾包含許多NCBI資源之連結

  13. 在PubMed搜尋結果介面裏，Search bar多了RSS摘要及Save Search二項選項 e.g.在PubMed database內搜尋2010年刊出有關神經痛的文章

  14. Display Settings 及Send To功能在搜尋結果上方 搜尋結果內定是Summary format Item checkbox在Itemnumber之上

  15. 最新的PubMed Display Settings 有七種Formats(格式)可供選擇，還包括以前的Show 及Sort By menus

  16. Send to 功能可把選取的citation(s)送到五處目的地。(Send to RSS及Send to printer功能已移除)

  17. Abstract format (multiple records display) LinkOut icons 最新的Abstract format是結合以前的AbstractPlus 及Citation formats而成；增加了許多補充資訊:Publication Types, MeSH Terms, Substances, Grant Support, Secondary Sources IDs, Personal Name as Subject, and LinkOut data.

  18. 如有提供免費全文會在這裏顯示

  19. 藍字標記表示從這裏可連接到Clipboard 內的items 綠字標記表示此citations已被選入clipboard內

  20. 2009年10月修改後，移到另一頁之選項 用Filter your results取代以前的Filter tabs 用Manage Filters來連結及選擇不同的filters，(Free Full Text為內定的filter，不需先signed in 到My NCBI來選取)

  21. 如有使用Limits的功能，會在搜尋結果上方顯示

  22. Find related Data取代以前的database “Links”選項。可利用其它的databases來搜尋你的輸入

  23. 如何建立個人化的搜尋策略(一) 所謂搜尋策略(search strategy)就是一個可行的計劃或途徑，能夠幫助你找到你希望得到的資訊。

  24. 如何建立個人化的搜尋策略(二) • PubMed如何進行基本搜尋 • Limits • PubMed 的search tools 及其他相關的資料庫 • Search by citation • Search by Field (熟識以上各項之原理及使用方法，對建立個人化的搜尋策略很有幫助)

  25. 搜尋策略之提示 • 先決定主要搜尋的槪念(concepts)為何。 • 此槪念有否可代替的用語(alternative terms) • 再決定你要搜尋槪念的細節，如: 研究類型 (RCT,meta-analysis, case reports,……) 、年齡層 、文章刊出日期、子集、、、、等。 • 搜尋策略會因個人喜好及專業背景不同而有所差異。

  26. Automatic Term Mapping(自動詞彙比對) Automatic term mapping (自動詞彙比對)就是對於在其後没有加search field tag(搜尋領域標籤)的詞彚(稱為unqualified terms) ； PubMed會依次序地在下列各表中找尋有否適配(match)的詞彚來連結PubMed資料庫的文章。

  27. 自動詞彙比對之搜尋順序 MeSH Translation Table (MeSH 轉譯表) Journal Translation Table (刊名轉譯表) Full Author Translation Table and Author Index (作者轉譯表及作者索引) Full Investigator Translation Table and Investigator Index (研究者轉譯表及研究者索引)

  28. PubMed之基本搜尋(一) • PubMed如在某一轉譯表中找到適配的詞彙後，搜尋便停止；不會再到後續的轉譯表中搜尋。 • 如在所有的轉譯表中均找不到適配，PubMed會把輸入的詞彙打散，再重來一次詞彙比對。 • 輸入的詞彙除了用自動詞彙比對來搜尋外，也會同時以[All Field]的形式來搜尋(則用search fields tags來搜尋) 。

  29. PubMed之基本搜尋(二) 所有MeSH詞彙包括在16個MeSH類目(MeSH Categories) 中， 右圖顯示鍵入字Face在MeSH樹狀結構中的層級關係，Face以下藍色的縮排字為Face的狹義字(narrower terms) ，Face及以上紅色的字為其廣義字(broader terms) 。當PubMed搜尋到一個MeSH詞彙時，會自動地同時在其下的縮排狹義字中搜尋可能的適配；這個搜尋動作叫Automaticexplosion(自動擴張) 。

  30. 以在Search (query) box鍵入facial trauma為例，PubMed會用automatic term mapping的基本搜尋方法去找與facial及trauma相關的MeSH Terms 及其下縮排的Subheadings(副標題) 。同時也會以[All Fields]去分別找相關的詞彙。

  31. Boolean operators And boolean logic布氏運算符與布林邏輯 • 布氏運算符包括AND, OR 及NOT(均需大寫) • PubMed 以由左到右的順序作連接及搜尋 e.g. , football OR hockey OR soccer arthritis NOT letter salmonella AND hamburger salmonella AND hamburger OR eggs salmonella AND (hamburger OR eggs)

  32. arthritis NOT letter football OR hockey OR soccer salmonella AND hamburger salmonella AND hamburger OR eggs 由左到右來順序連接 salmonella AND (hamburger OR eggs) nesting(=括弧)內的用詞視為一個單位先進行連接

  33. Limits功能介紹 在Limits中你有如下的選擇來建立你的搜尋: 文章刊出之時間日期(Dates) ，文章之種類(Publication Type of Articles) 及文章使用之語言(Languages) ，研究之種類(Species) 、性別(Gender) 、及年齡(Ages) ，文章特定之子集(Subsets)、正文選擇(TextOptions) 及搜尋領域標籤(Search Field Tags)選擇等。

  34. 在這裏選擇文章刊出的最近日期及特定的日期範圍

  35. PubMed索引的期刊，其使用的語言有40多種，可多選來同時搜尋。愈上方的選項愈常被人選取。PubMed索引的期刊，其使用的語言有40多種，可多選來同時搜尋。愈上方的選項愈常被人選取。 在這裏選擇被引用文章之種類，可多選來同時搜尋。 愈上方的選項愈常被人選取。

  36. 用Limits來限制引文的研究種類(人或動物) 、性別(男或女) 、及不同年齡的搜尋。 從子集中可選取三個不同群組(Journal groups, Topic, More Subsets)的文章引文

  37. 可利用不同的搜尋領域標籤來限制搜尋內容 可限制文章正文連結為全文、免費全文或摘要

  38. 搜尋(Search Tools)工具之介紹 • MeSH Database: 可幫助你找到需要的MeSH詞彙來連接作PubMed的文章搜尋 • Journal Database: 提供PubMed內各期刊的資訊及搜尋期刊內的文章 • Clinical Queries: 為一預先建構的搜尋工具，能幫助你縮少搜尋範圍在與臨床有關的文章上

  39. 直接在PubMed首頁之More Resources下選取MeSH Database或在search bar下拉之database selection menu內選取後再點擊Search則可到達

  40. MeSH資料庫首頁

  41. 以在MeSH資料庫建立一搜尋策略為例： 請找出“the diagnosis of osteoarthritis in the knee joint”的引文

  42. 鍵入osteoarthritis後再按Go則出現5個相關的MeSH詞彙鍵入osteoarthritis後再按Go則出現5個相關的MeSH詞彙 MeSH 資料庫給予osteoarthritis的定義 點選Links可以把MeSH詞彙連結到其內各網站作搜尋

  43. 點選osteoarthritis進入完全顯示介面後，再選diagnosis，然後Send to/searchBoxwithAND；此處則會出現此MeSH term。

  44. , 1 2 6 4 5 同理，依下列步驟: 1.鍵入knee joint,2.clickGo,3.勾選Restrict Search to Major Topic headingsonly,4.選Send to及5.Search Box with AND, 最後按Search PubMed則完成此搜尋策略之各步驟 3

  45. 以MeSH 資料庫作搜尋策略所得的結果

  46. 在這二處進入Journals Database來找尋期刊資訊及期刊內文章

  47. 主題用語為NLM指派給MEDLINE內各期刊；描述每一期刊大體上屬於何領域的用語，可進入找尋與主題相關的期刊。主題用語為NLM指派給MEDLINE內各期刊；描述每一期刊大體上屬於何領域的用語，可進入找尋與主題相關的期刊。 進入後可到達所有NLM的Entrez資料庫(包括PubMed) 在這裏可連線到提供期刊全文的網站 利用下列項目來找尋期刊： 1. 期刊名 2.MEDLINE/PubMed的期刊縮寫 3.NLM ID (NLM的個別期刊鑑別碼) 4.ISO 縮寫 5.pISSNs 及eISSN s 6.subject terms (主題用語)

  48. 月刊 Suggestions提供與鍵入字相似的刊名作選擇，且可避免拼錯字。 鍵入Annals of internal medicine再點Go則出現二份相關的期刊。在Links下拉選單內 可連結到Entrez資料庫。 直接點選則可看到此期刊的完整資訊 在Links 內將此期刊連結到PubMed資料庫

  49. Annals of internal medicine的完整Full display資料

  50. Annals of internal medicine在PubMed內所有的文章。若要找某一篇文章 ，請參考Search by Citation 。

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