infections respiratoires communautaires

1. infections respiratoires communautaires ED n° 4

2. Pré-requis 1-Définitions • Bronchite aigüe: inflammation de la muqueuse bronchique sans atteinte parenchymateuse • BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive): inflammation chronique des bronches. Les exacerbations peuvent être d’origine bactérienne et aggraver la BPCO • Bronchiolite: infection des bronchioles • Pneumonie: infection du parenchyme pulmonaire d’évolution aiguë Pharyngite/ laryngite Rhinite Trachéite Bronchite Bronchiolite Pneumonie

3. Pré-requis 2 – rappels anatomo-cliniques Voies aériennes supérieures: • flore abondante variable selon l’âge et le terrain. • Bactéries commensales (potentiellement pathogènes) : strepto a, Neisseriaspp., Corynebacteriumspp., Haemophilusspp. , Staphylococcus spp.… parfois Streptococcus pneumoniae (5-10% de portage chez l’adulte, 20-40% chez l’enfant), Haemophilusinfluenzae Voies aériennes inférieures: • Bronches et alvéoles pulmonaires normalement stériles • Défenses mécaniques: toux, cils • Défense humorale : IgA, lysozyme • Défense cellulaire: macrophages, polynucléaires…

4. Pré-requis 3 – épidémiologie/classification • Bronchite aigüe: • 10 millions de cas/ an • le plus souvent virale et contexte épidémique • Diagnostic uniquement clinique • Guérison spontanée • Pas d’antibiotique • Exacerbations de BPCO(bronchopneumopathie chronique obstructive): • 2 millions de cas par an • Diagnostic difficile • Etiologie non infectieuse dans 1 cas sur 2 • Infection bactérienne probable si crachats purulents • Bronchiolite: nourrisson, virale

5. Pré-requis 3 – Epidémiologie/classification • Pneumonie aigüe: • 400 000 et 600 000 cas par an • Le diagnostic repose sur des critères: • cliniques: toux, dyspnée, douleur thoracique, expectorations, fièvre, râles crépitants • radiologiques: image lobaire, infiltrat interstitiel… • Microbiologiques • Critères de gravité à évaluer: âge, comorbidités, signes vitaux…

6. Diagnostic microbiologique d’une pneumonie Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire

7. 1 - Quelles sont les principales étiologies des pneumonies communautaires ? • pathogènes donnant souvent une pneumopathie franche lobaire aigüe souvent limitées à un seul lobe : • Streptococcus pneumoniae +++(= pneumocoque) (50%) • Haemophilus influenzae • S. aureus • pathogènes donnant souvent une pneumopathie interstitielle constituée d’opacités diffuses : • Dans ce cas, les étiologies virales prédominent. • bactéries de culture difficile dont: • Mycoplasma pneumoniae • Tableau mixte: • Legionella pneumophila (10%)

8. 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Aucun bilan microbiologique si faibles critères de gravité But de la culture bactérienne: • Identifier la ou les bactéries en cause parmi la flore Type de prélèvement: • Variable selon l’importance clinique, le contexte (ambulatoire, intubation, immunodépression) • Transport rapide au laboratoire (germes fragiles et prolifération des bactéries commensales) • Avant toute antibiothérapie

9. 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? A- Prélèvements respiratoires: • Examen Cytobactériologique des crachats (ECBC): • Matin au réveil, rinçage bucco-dentaire, après effort de toux si besoin aide d’un kiné • Aspiration bronchique (AB) (chez patient souvent intubé): • Aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par sonde d’intubation • Prélèvement des sécrétions respiratoires basses • Prélèvement Distal Protégé (PDP) et Brossage (BDP) • Brosse de nylon placée à l’intérieur d’un double cathéter (sous fibroscopie) • Lavage Broncho-Alvéolaire (LBA) • Injection et ré-aspiration de sérum physiologique (100 à 200 ml) sous fibroscopie • contaminé par la flore oropharyngée

10. 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Mise en culture : dilutions appropriées dénombrement des bactéries prélèvement Gélose au sang Incubation à 37°C Gélose au sang hémolysé (« gélose chocolat ») + vitamines Examen microscopique: Gram: présence de germes (description) • Cytologie: • bonne qualité du prélèvement (ECBC, AB) si : • <10 Cellules épithéliales/ champ • >25 Polynucléairesneutrophiles/champ • nombre de cellules, formule, % de cellules infectées (LBA)

11. 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? Résultat des cultures (J1), significatif si pathogène: • ≥107 UFC/ml (ECBC) • ≥ 105 CFU/ml (AB) • ≥ 103 CFU/ml (Prélèvement Distal Protégé) • ≥ 104 CFU/ml (Lavage Broncho-Alvéolaire) techniques invasives non systématiques J2 Antibiogramme

12. 2 - Quels sont les outils bactériologiques du diagnostic de pneumopathie? B- Autres prélèvements • Hémocultures rarement positives (Positives dans 30% des pneumopathies à pneumocoques) • Recherche d’Antigène solubles (urines): Méthode immuno-chomatographique, Facile à réaliser et rapide • Pneumocoque Détecte les Ag polyosidiques du Pneumocoque. Très spécifique Sensibilité variable (Ag +: portage des < 3 ans, BPCO, excrétion prolongée après infection) • Legionella pneumophila sérogroupe 1: > 90% des cas de legionnelloses. spécificité ++

13. 4- Quelles sont les spécificités du pneumocoque ? producteur de pneumolysine: colonies α-hémolytiques (halot vert) Diplocoque à gram positif Genre Streptococcus, capsule polyosidique (autres streptocoques commensaux: optochine résistants) Résistance aux antibiotiques -Sensibilité naturelle à la pénicilline et aux céphalosporines. Depuis quelques années  mutation des PLP : pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP), variable en fonction de l’âge (60% chez l’enfant)  Détection par disque d’oxacilline et/ou CMI à la penicillineG, amoxicilline et cefotaxime.  Traitement par Amoxicilline 3 g/j Très nombreux sérotypes différents (vaccination)

14. Diagnostic bactériologique d’une pneumopathie à Mycoplasme pneumoniae Mycoplasme pneumoniae(bactéries sans paroi) Adhésion aux cellules respiratoires Culture longue et difficile Diagnostic microbiologique: Sérologie : IgG, IgM (séroconversion) PCR à partir de prélèvement nasopharyngé ou respiratoire Antibiotiques actifs: cyclines, macrolides, fluoroquinolones Résistance naturelle aux betalactamines

15. Diagnostic microbiologique d’une legionellose (Legionella pneumophila) Aspect en verre fritté • bacilles à Gram négatif, origine hydrotellurique • Contamination par aérosols d’eau contaminée • Diagnostic: • Recherche d’antigène urinaire • Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas • Culture de prélèvement respiratoire sur milieu spécialisé • Croissance lente (3 à 10 jours) • Déclaration obligatoire (Enquête épidémiologique) • Résistance naturelle aux bétalactamines • Traitement: macrolides ou fluoroquinolones Préciser sur la feuille de demande la recherche de Legionella +++

16. Démarche de prise en charge globale d’une pneumonie Le diagnostic repose d’abord sur la clinique et l’imagerie! • Place du diagnostic microbiologique variable: • PAC sans hospitalisation: pas de prélèvement • Pneumonie avec hospitalisation: hémocultures + plvts respiratoires +/- Ag urinaires Legionella +/-Ag pneumo Traitement : • Fonction de la sévérité, du terrain, de la bactérie… • Principes de base: • Antibiothérapie probabiliste instaurée rapidement • Réévaluation à 48h • Adaptation de l’antibiothérapie à la bactérie retrouvée et antibiogramme

17. La coqueluche • Bactérie responsable : Bordetella pertussis ou accessoirement parapertussis • Très contagieuse • Infection bactérienne localisée à l’arbre bronchique • Incubation 2-3 semaines • toux persistante de plus de 7 jours par quinte (« champ du coq ») • peut être sévère chez nourrisson, femmes enceintes, sujets agés (surinfections pulmonaires) • Colonisation du tractus bronchique par des adhésines, production de toxines • éliminations des cellules ciliées • accumulation de mucus et réaction inflammatoire

18. La coqueluche • Diagnostic clinique +++ • Confirmation diagnostique: partir d’une aspiration ou écouvillonagenasopharyngé • 1ère semaine de toux: culture (difficile, milieux spécifiques): cocco-BGN • dans les trois premières semaines de toux PCR • Sérologie : 3 semaines après la toux • Traitement: macrolides • Prévention: • Vaccination des enfants et adultes non vaccinés • Rappel tous les 10 ans 

19. Evaluez-vous Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire • Quel diagnostic doit-on évoquer? • Comment prouver cette hypothèse  ? • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? • Quel traitement mettez-vous en place si votre hypothèse diagnostique se confirme

20. Evaluez-vous Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale associée à des frissons, une toux, des expectorations purulentes et une douleur thoracique unilatérale. Le patient présente des râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie > 100/min. La radio thoracique montre une opacité alvéolaire • Quel diagnostic doit-on évoquer ? • Pneumopathie à Pneumocoque • Comment prouver cette hypothèse  ? • ECBC , Antigénurie pneumocoque • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? • Legionella pneumophila , Haemophilus influenzae • Quel traitement mettez-vous en place si votre hypothèse diagnostique se confirme  Amoxicilline 3g/j

21. Diagnostic microbiologique d’une pneumopathie • Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, • consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois • Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée

22. 1) Quel diagnostic évoquez-vous ? • Votre suspicion de tuberculose est forte devant : • Terrain : • homme jeune, étranger (pays à forte endémie) • conditions socio-économiques difficiles • Clinique : • la fièvre prolongée • sueurs nocturnes • amaigrissement • symptomatologie pulmonaire toux +++ • résistance aux antibiotiques classiques • Radiologie : opacité dans apex gauche

23. Taux d’incidence de la tuberculose dans le monde WHO2011

24. Incidence, morbidité et mortalité liées à la tuberculose,France métropolitaine, 1972-2010

25. 2) Quel est la bactérie responsable de la tuberculose? Ordre : Actinomycétales Mycobacterium complexe tuberculosis (Bacille de Koch) : Genre Mycobacterium • M. tuberculosis • M. africanum (patient africain) • M. bovis (bovidés)  homme (aliments, lait cru ou contact) • M. bovis BCG (Bacille de Calmette et Guérin)= souche vaccinale atténuée  non virulente Mycobacterium Leprae Bacille de Hansen Mycobactéries atypiques (environnement): – Mycobacterium avium (SIDA, hémopathies..) – Mycobacterium xenopi – Mycobacterium marinum (aquariophilie..) ...

26. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3) Comment le patient s’est infecté ? Vous décidez de l’hospitaliser quelles mesures prenez-vous ? Transmission de la tuberculose est inter-humaine. goutelettes tuberculose pulmonaire = seule forme contagieuse Lésion de tuberculose pulmonaire contact tuberculeux • - Isolement respiratoire du patient • Chambre seule, porte fermée, pression négative • - Port de masque FFP2 obligatoire pour toute personne entrant dans la chambre

27. Virulence = Capacité de résister à la phagocytose et se multiplier dans les macrophages Inhalation du bacille tuberculeux puis implantation dans l'alvéole pulmonaire  phagocytose par macrophage transformation en cellule épithélioïde formation d’un granulome à cellules épithélioïdes centré par de la nécrose caséeuse = lésion primaire à partir de la lésion primaire : soit guérit spontanément soit s’étend avec nécrose tissulaire et formation d’une caverne = riche en bacille+++ Très contagieux Parfois, dissémination par les vaisseaux lymphatiques ou sanguins vers d’autres organes : rein, méninge, os (mal de pott) ganglion… 4) Quel est la physiopathologie de la maladie et le pouvoir pathogène de la bactérie?

28. Tuberculose infection et tuberculose-maladie Sujet Contact d’un tuberculeux Contamination aérienne Infection (virage IDR) 95% 5% (dans les 2 ans) Infection latente Maladie = 10% 5% (réactivation) Décès en l’absence de traitement

29. 5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique? 1/ Diagnostic d ’une tuberculose pulmonaire ( 73% des formes cliniques en France) : JO Prélèvement classique : 3 crachats sensibilité +++ expectorations ! pas de salive le matin à jeun, après rinçage de la bouche après effort de toux +++ au moins 5 ml Attention si mal prélevé = faux négatif Autres : à faire si classique est négatif 3 tubages le matin, à jeun, dès le réveil si négatifs prélèvements invasifs : • prélèvement respiratoire sous fibroscopie (LBA et/ou AB) • Et 3 crachats post fibroscopie

30. 5) Quel(s) examen(s) demandez-vous pour étayer votre diagnostic étiologique? Pour les tuberculoses Extra-pulmonaires (26% des cas de tuberculose en France): Recherche peut être effectuée selon localisation dans : • Liquides de ponction (LCR, liquide pleural, articulaire) • Biopsies : ganglion, osseuses, cutanés, • Moelle osseuse, Sang (immunodéprimé) - Urines (3 BK urines)

31. Travail sous poste de sécurité microbiologique de niveau 3 pour la manipulation du bacille de la Tuberculose 1/ Examen microscopique après coloration de Ziehl-Neelsen ou coloration à l’auramine (fluorescence) Les prélèvements non stériles sont décontaminés pour éliminer la flore commensale. non spécifique de la tuberculose et + si: - complexe M. tuberculosis, Mycobactéries non tuberculeuses - Nocardia, Rhodococcus, Actinomycetes 5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J0? Recherche de BAAR Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants peu sensible : positif seulement chez 50% des tuberculoses pulmonaires

32. 5) Quelle est la place du laboratoire dans le diagnostic à J0? • Paroi riche en acides mycoliques : non colorée par le GRAM • Résiste aux agents chimiques

33. Coloration à l’auramine Microscope à fluorescence x 100 Coloration de Ziehl-Neelsen Microscope optique X 100 Présence de Bacilles Acido-Alcoolo Résistants (BAAR) dans une expectoration

34. croissance très très lente, aérobie, milieux spécifiques, 37° C Milieux solides en tube : Milieu de Löwenstein-Jensen et Milieu de Coletsos culture + dès 3 semaines à 1 mois négatif en 3 mois Surveillance de la culture est non automatisée Milieux liquides : MGIT (Mycobacterial Growth Indicator Tube) par exemple Surveillance de la culture est continue et automatisée - Les cultures sont rendues négatives au bout de 6 semaines -Les cultures peuvent être positives en 12 Jours en moyenne (cas des prélèvements positifs à l’examen direct) Mise en culture des prélèvements

35. 7) Quels résultats attendez-vous pour confirmer votre diagnostic ? Culture positive - Milieu solide + en 3s à 1 mois : aspect rugueux des colonies : sèches - Milieu liquide + en 10 à 12 jours en moyenne Coloration de Ziehl Présence de BAAR Identification du M. complexe tuberculosis par recherche d’antigène MPT64 spécifique ou par PCR

36. 8) Quels vont être les antibiotiques testés ? Antibiotiques différents des antibactériens classiques Une caverne contient environ 108 bacilles et environ 102 à 103 germes sont d’emblée résistants à un antibiotique il existe des mutants R naturels au sein de la population l’antibiotique ne tuera pas toute la population, il faut donc au moins 2, 3 voire 4 ATB  pour tuer tous les bacilles et éviter l’apparition de résistance secondaire  Un antibiotique sera considéré comme efficace lorsqu'il laisse le plus faibles taux de mutants préexistants d’emblée. 5 antituberculeux majeurs testés (*= utilisés en pratique clinique): isoniazide* Rifampicine* Ethambutol* Pyrazinamide* streptomycine Sm Inh Rif Emb Control

37. 9) Quel sera le traitement et le suivi ? Déclaration obligatoire Isolement : malade contagieux Précautions : Masque FFP2 ( pour les soignants, visiteurs) Masque chirurgical anti-projection ( pour le patient lors de visites ou déplacements) - Traitement classique de la tuberculose maladie : isoniazide + rifampicine + éthambutol + pyrazinamide Quadrithérapie antituberculeuse 2 mois relais 4 mois bithérapie - Suivi : contrôle 3 BK crachats 3 semaines après la mise sous traitement antituberculeux si - levée de isolement.

38. Evaluez vous • Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, • consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois • Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée • Quel diagnostic évoquez vous en priorité ? • Comment le confirmer ? • Vous décidez d’hospitaliser votre patient, quelles mesures prénez vous ? Quand pouvez-vous lever ces mesures? • Quel traitement débutez-vous?

39. Evaluez vous • Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, • consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois • Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée • Quel diagnostic évoquez vous en priorité ? • Tuberculose pumonaire : origine africaine, conditions socio-économiques modestes, AEG • Comment le confirmer ? • mise en évidence de BAAR à l’examen direct des expectorations en coloration de Ziehl-Nielsen ou Auramine , identifié comme étant Mycobacterium tuberculosis en culture • Ou uniquement culture positive à M. tuberculosis ( avec un examen direct négatif) : fréquent

40. Evaluez vous • Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6 mois, • consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois • Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal systématisée • Vous décidez d’hospitaliser votre patient, quelles mesures prénez vous ? Quand pouvez-vous lever ces mesures? • Isolement en chambre seule, masque de type FFP2 pour toute personne entrant dans la pièce • Durée mal codifiée, classiquement 2/3 semaines de traitement efficace si patient bacillifère initialement (expectorations de contrôle). • Déclaration obligatoire • Quel traitement débutez-vous? • INH+RIF+ ETH+ PZA 2 mois puis INH + RIF 4 mois suivants

41. Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre d’apparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. L’état du patient est jugé sévère indiquant une admission en réanimation médicale pour pneumopathie. • Quel diagnostic doit-on évoquer ? • Comment prouver cette hypothèse ? • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?

42. Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un service de Pédiatrie. • Quelle est l’étiologie la plus fréquente des bronchiolites hivernales du nourrisson ? • Comment prouver cette hypothèse  ? • Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ? 

43. Infections virales respiratoires Virus influenza Virus respiratoire syncytial (VRS) Virus parainfluenza (PIV) Metapneumovirus (hMPV) Rhinovirus/Entérovirus/Paréchovirus Coronavirus Adénovirus Bocavirus humain Polyomavirus KI WU Mais aussi virus Herpesviridae(HSV1, CMV, HHV-6, VZV) - Rougeole Rhinite ARN Pharyngite/laryngite Trachéite Bronchite ADN Pneumonie

44. Associations Virus-symptômes Diagnostic étiologique “clinique” difficile • Etiologie et symptomatologie variables également en fonction de • Epidémiologie (saison, région) • Population (enfant, adulte) • Co-morbidité (maladierespiratoire (asthme, BPCO) – Immunodépression)

45. Fièvre > 38°C Début brutal Asthénie Myalgies Frissons Céphalées Toux Rhinite Expectoration Pharyngite Otite Troubles digestifs Symptomatologie grippe > 80 % 60 - 80 40 - 60 < 20 Syndrome grippal = grippe ouautres virus Grippe sans syndrmegrippal possible

46. Surveillance épdidémiologique Réseau Sentinelles http://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/ Surveillance clinique Fièvre brutale > 39°C, myalgies, signes respiratoires 1300 médecins généralistes libéraux volontaires Réseau GROG – Groupes Régionaux d’Observation de la Grippe http://www.grog.org/ Surveillance virologique Prélèvements (écouvillon nasopharyngé) et tests de détection unitaire (immunochromatographie) par des médecins généralistes et pédiatres

47. Réseau Sentinelles Syndromes grippaux Nb de cas / 100 000 habitants Semaine 01 2013

48. GROG – France Métropole Analyse régionale Semaine 01 2013

49. Indications diagnostiques Infection respiratoire communautaire bégnine = pas de diagnostic virologique • Formes graves ou chez les personnes à risque • Grippe (recommandations du COREB) • Groupement de coordination de la gestion du risque épidémiologique et biologique • http://www.infectiologie.com/site/medias/alertes/grippe/COREB-Grippe-urgences-15122010.pdf • Bronchiolite à VRS du nourrisson • Pneumonies virales de l’immunodéprimé • Adapter le traitement anti-infectieux • Mise en œuvre de mesures d’isolement

50. Méthodes de prélèvement Sécrétions nasales Lieu de réplication initiale des virus respiratoires Aspiration nasopharyngée (+/- lavage ) Plus difficile chez l’adulte (moins de sécrétions – charges virales plus faibles) Ecouvillonnage nasopharyngé + simple à réaliser que l’aspiration mais recueil d’une quantité de cellules plus faible Qualité du prélèvement +++  formation du personnel aux pvts Eventuellement Sécrétions trachéobronchqiues Lavage bronchoalvéolaire Prélèvements non recommandés Expectorations Crachats Ecouvillonage buccal ou pharyngé Virus = parasite intra-cellulaire