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Comparative Analysis of FGFR Domains and Intron Positions across Multiple Species

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gerda
5 diapositives · 218 Views · Sep 09, 2014

This study presents a comprehensive alignment of FGFR sequences from various species, highlighting domain annotations and intron positions. The alignment is superimposed onto the protein sequence, with domains marked by blue lines and introns by magenta boxes. Introns are sequentially numbered, starting with the first intron identified in Hydra FGFR. Accompanying this analysis are accession numbers for the sequences and a table listing abbreviations for the species analyzed, providing a clear resource for understanding FGFR evolution and structure.

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Transcription de la présentation

  1. Signal sequence 1 1a 1b 1c1 1c2 1d 1e group 1f 22aIgI 2b 2c autoinhibition IgI 3 4 4a 4b 4c-e Acidic box

  2. 4f 4g-group 4h 4i 5 5a 5b IgII (ligand binding) (ligand binding) IgII 6 6a 6b 6c IgIII 6d IgIII 6e 6f 7 group

  3. 7 a1 7a2 7a3 Transmembrane 7b juxtamembrane 7c group 7d 7e Kinase1 7f 8 SH2 ATP binding/phosphoryl transfer

  4. Kinase 1 9 9a kinase insert 9b 10 Kinase 2 10a 11 Mg2+, activation loop ++ 12 13 Kinase 213a14 15 15a group 15b, c 15d tail region + + + tail region

  5. Supplement 1Alignment of all used FGFRs and their intron positions superimposed to the protein sequence and domain annotation The domains (compare also Fig. 1) are indicated above the alignment by blue lines and introns by magenta boxes. Introns are numbered arbitrarily starting with the first intron (= in the Hydra FGFR). Accession numbers are given in Supplement 2, Table1. Abbreviations used for the different species: (Ta) Trichoplaxadhaerens; (Hv) Hydra vulgaris; (Nv) Nematostellavectensis; (Hs) Homo sapiens; (Ci) Ciona intestinalis ¸ (Sp) Strongylocentrotus purpuratus; (Sk) Saccoglossus kowalevskii. (Lg) Lottia gigantea; (Cc) Capitella capitata; (Ce) C. elegans;(Tc) Tribolium castaneum; (Dm) Drosophila melanogaster